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Population fantĂŽme

Une population fantĂŽme, en gĂ©nĂ©tique, est une population Ă©teinte dont l'existence a Ă©tĂ© infĂ©rĂ©e par des Ă©tudes gĂ©nĂ©tiques portant sur les populations existantes : mĂȘme si la population disparue ne peut ĂȘtre associĂ©e Ă  aucun fossile connu, sa contribution gĂ©nĂ©tique a Ă©tĂ© isolĂ©e.

Exemples chez l'ĂȘtre humain
  • Une population fantĂŽme a contribuĂ© pour 8% au patrimoine gĂ©nĂ©tique des Yorubas[1] mais aussi des KhoĂŻsans (4%), des PygmĂ©es Mbuti (4.3%) et des Mandenka (5.8%)[2]
  • L'Homme de Denisova a d'abord Ă©tĂ© identifiĂ© par la gĂ©nĂ©tique (donc en tant que population fantĂŽme) avant que des restes soient dĂ©couverts en SibĂ©rie[3]
  • Une population fantĂŽme apparentĂ©e aux mĂ©lanĂ©siens a contribuĂ© au patrimoine gĂ©nĂ©tique des indigĂšnes de l'amazonie[4].

Chez les animaux domestiques
  • Le Basenji possĂšde un hĂ©ritage gĂ©nĂ©tique d'une population Ă©teinte de loups africains[5] - [6] - [7].

Chez des animaux sauvages

Références
  1. (en) Arun Durvasula et Sriram Sankararaman, « Recovering signals of ghost archaic admixture in the genomes of present-day Africans », bioRxiv,‎ (DOI 10.1101/285734).
  2. Belen Lorente-Galdos, Oscar Lao, Gerard Serra-Vidal et Gabriel Santpere, « Whole-genome sequence analysis of a Pan African set of samples reveals archaic gene flow from an extinct basal population of modern humans into sub-Saharan populations », Genome Biology, vol. 20, no 1,‎ , p. 77 (ISSN 1474-760X, PMID 31023378, PMCID PMC6485163, DOI 10.1186/s13059-019-1684-5, lire en ligne, consultĂ© le )
  3. (en) F. L. Mendez, J. C. Watkins et M. F. Hammer, « Global Genetic Variation at OAS1 Provides Evidence of Archaic Admixture in Melanesian Populations », Molecular Biology and Evolution, vol. 29, no 6,‎ , p. 1513–1520 (ISSN 0737-4038, DOI 10.1093/molbev/msr301).
  4. Ewen Callaway, « ‘Ghost population’ hints at long-lost migration to the Americas », Nature News,‎ (DOI doi:10.1038/nature.2015.18029, lire en ligne)
  5. Zhenxin Fan, Pedro Silva, Ilan Gronau, Shuoguo Wang, Aitor Serres Armero, Rena M. Schweizer, Oscar Ramirez, John Pollinger, Marco Galaverni, Diego Ortega Del-Vecchyo, Lianming Du, Wenping Zhang, Zhihe Zhang, Jinchuan Xing, Carles VilĂ , Tomas Marques-Bonet, Raquel Godinho, Bisong Yue et Robert K. Wayne, « Worldwide patterns of genomic variation and admixture in gray wolves », Genome Research, vol. 26, no 2,‎ , p. 163–73 (PMID 26680994, PMCID 4728369, DOI 10.1101/gr.197517.115, lire en ligne)
  6. K.-P. Koepfli, J. Pollinger, R. Godinho, J. Robinson, A. Lea, S. Hendricks, R. M. Schweizer, O. Thalmann, P. Silva, Z. Fan, A. A. Yurchenko, P. Dobrynin, A. Makunin, J. A. Cahill, B. Shapiro, F. Álvares, J. C. Brito, E. Geffen, J. A. Leonard, K. M. Helgen, W. E. Johnson, S. J. O’Brien, B. Van Valkenburgh et R. K. Wayne, « Genome-wide Evidence Reveals that African and Eurasian Golden Jackals Are Distinct Species », Current Biology, vol. 25, no 16,‎ , p. 2158–65 (PMID 26234211, DOI 10.1016/j.cub.2015.06.060)
  7. Adam H. Freedman, Ilan Gronau, Rena M. Schweizer, Diego Ortega-Del Vecchyo, Eunjung Han, Pedro M. Silva, Marco Galaverni, Zhenxin Fan, Peter Marx, Belen Lorente-Galdos, Holly Beale, Oscar Ramirez, Farhad Hormozdiari, Can Alkan, Carles VilĂ , Kevin Squire, Eli Geffen, Josip Kusak, Adam R. Boyko, Heidi G. Parker, Clarence Lee, Vasisht Tadigotla, Adam Siepel, Carlos D. Bustamante, Timothy T. Harkins, Stanley F. Nelson, Elaine A. Ostrander, Tomas Marques-Bonet, Robert K. Wayne et John Novembre, « Genome Sequencing Highlights the Dynamic Early History of Dogs », PLOS Genetics, vol. 10, no 1,‎ , e1004016 (PMID 24453982, PMCID 3894170, DOI 10.1371/journal.pgen.1004016)
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