Mario et Luigi : Voyage au centre de Bowser

Une mystérieuse maladie, la Rouliboulite (Metakoro au Japon, Blorbs aux États-Unis et Bloubb au Canada) provoquée par un champignon spécial, nommé Champi Roul'boul (Champi Vortex) donné par un mystérieux vendeur, transforme les Toad en boule gigantesque. Une réunion d'urgence est alors déclarée au château de la Princesse Peach pour y trouver un remède, avec l'aide d'Étoile d'Or (Astrelle), une gardienne des Étoiles surveillant le Royaume Champignon. Bowser arrive alors pour kidnapper Peach mais est expulsé du Château.

Atterri dans la Forêt Foussett, Bowser rencontre le mystérieux vendeur, qui se révèle être Gracowitz (Faffreux), lui vend un "Champignon Chanceux", qui lui donne le pouvoir d'avaler tout ce qu'il veut; il avalera plus tard Mario et le reste des membres de la rencontre. Pendant ce temps, Gracowitz s'empare du château de Peach, et son acolyte Métaboss (Lèchbott) s'empare de celui appartenant à Bowser. Mario et Luigi se réveillent et explorent l'intérieur de son corps, le réveillant par la suite, ayant oublié les évènements, qui sera aidée par Étoile d'Or, sous le pseudonyme "Chippy". Il part alors à la recherche de Gracowitz, dans l'espoir de sauver le Royaume Champignon.

Gracowitz tend un piège à Bowser, extrait Peach du corps de Bowser et s'empare de l'Astre Noir, une entité puissante qui ne peut être utilisée qu'avec Peach. Mario et Luigi réussissent à sortir du corps de Bowser et apprennent l'existence des trois Remèdes Étoile, qui peuvent créer le Remède Miracle, arrêtant la pandémie pour de bon; Bowser entend la nouvelle et se presse contre les frères pour les retrouver, avant d'être emprisonné dans un coffre-fort par Gracowitz. Mario et Luigi trouvent les trois remèdes puis s'introduisent au Château de Peach, tandis que la maladie s'arrête.

Bowser, maintenant libéré, traque Gracowitz et sort victorieux contre Métaboss. Certes, l'Étoile Noire réussit à s'incruster dans le corps de Bowser, oû il copie son ADN et devient Bowser Noir après avoir trouvé Gracowitz, nécessaire pour finaliser sa transformation. Bowser, Mario et Luigi démolissent le noyau de l'Étoile Noire; d'un dernier geste, Gracowitz s'auto-détruit, dont l'explosion exclus Mario et Luigi du corps de Bowser. Bowser apprend la nouvelle et s'enrage, perd contre Mario et retourne à son château, redevenu normal comme tout le Royaume Champignon. Peach lui fait alors un gâteau de remerciement pour ses bonnes actions, certes involontaires.

Le jeu a été révélé lors du Tokyo Press Event de Nintendo, qui s'est tenu au Japon en octobre 2008, sous le titre japonais de Mario & Luigi RPG 3 !!! . La conférence a révélé les détails du jeu alors à venir, concernant l'intrigue et les mécanismes de jeu, ainsi que le fait qu'il impliquerait une utilisation extensive de l'écran tactile. AlphaDream, les développeurs de Superstar Saga et Partners in Time, ont développé ce jeu avec des contributeurs expérimentés à la série Mario tels que Yoko Shimomura et Charles Martinet travaillant respectivement sur la musique et le doublage. À l'E3 2009, il a été révélé que le nom anglais officiel du jeu serait Mario & Luigi: Bowser Inside Story et qu'il sortirait fin 2009 en Europe et en Amérique du Nord.

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