International immunogenetics information system

IMGT est utilisé par des scientifiques et industriels, en recherche fondamentale, médicale (maladies auto-immunes et infectieuses, SIDA, leucémies, lymphomes, myélomes) et vétérinaire, en génomique (diversité des génomes et évolution du SI adaptatif), pour les diagnostics (détection et suivi des maladies résiduelles), en biotechnologie relative à l'ingénierie des anticorps et dans les approches thérapeutiques (greffes, immunothérapie, vaccinologie). IMGT est spécialisé dans les séquences, structures et données génétiques des IG, TR, CMH des vertébrés, des protéines des superfamilles IgSF et MhcSF et du système immunitaire (SI).

IMGT comprend des bases de données, des ressources Web et des outils interactifs.

Créé par Marie-Paule Lefranc (Université de Montpellier et CNRS)[3], en 1989, un prototype du système d'information en ImMunoGénéTique a été développé en France pour les séquences des immunoglobulines et récepteurs T (LIGM-DB) par le Laboratoire d'ImmunoGénétique Moléculaire (LIGM, CNRS, Université de Montpellier, Montpellier), en collaboration avec le Centre National Universitaire Sud de Calcul (CNUSC, Montpellier, Sophie Creuzet et Denys Chaume) et le Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Micro-électronique de Montpellier (LIRMM, CNRS, Université Montpellier 2, Montpellier, Isabelle Mougenot et Patrice Dehais).

En 1992, la base de données devient véritablement européenne avec la collaboration de l'EMBL (Rainer Fuchs), l'IFG (Werner Müller), l'ICRF (Julia Bodmer) et l'obtention d'un financement BIOMED1 (BIOCT930038) de l'Union Européenne.

Depuis juillet 1995, MGT/LIGM-DB est disponible sur le serveur Web du CINES à Montpellier. La première démonstration en ligne a été réalisée à l'occasion du 9^e Congrès International d'Immunologie à San Francisco, États-Unis (23-29 juillet 1995). IMGT/MHC-HLA, pour les séquences MH1 et MH2 (ou HLA) de l'homme, maintenu par l'ANRI, Londres, est disponible sur le serveur de l'EBI depuis décembre 1998.

IMGT a l'honneur en 1999, pour son 10^e anniversaire, de faire la couverture de l'édition Nucleic Acids Research Database (Janvier 1999)[4].

IMGT a poursuivi son développement dans le cadre d'un financement du 5^e PCRDT de la Communauté européenne, QLG2-2000-01287 (collaboration entre LIGM, EMBL-EBI, Cancer Research UK, EUROGENTEC et BPRC). IMGT a ensuite été partenaire d'ImmunoGrid, 6^e PCRDT de l'Union Européenne (IST-2004-028069). Depuis 2008, IMGT fait partie d'ELIXIR (European Life sciences Infrastructure for Biological Information).

Le système d'information IMGT est localisé au Laboratoire d'Immunogénétique Moléculaire (LIGM), Institut de Génétique Humaine du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Montpellier, France. Les ressources HPC d'IMGT/HighV-QUEST sont hébergées au Centre Informatique National de l'Enseignement Supérieur.

Le Laboratoire d'immunogénétique Moléculaire (LIGM) (Marie-Paule Lefranc et Gérard Lefranc), Université Montpellier 2, CNRS UPR 1142, IGH, est impliqué depuis plus de trente ans en génétique, structure et fonction du polymorphisme des immunoglobulines (IG) et des récepteurs T (TR).

La contribution scientifique de LIGM est démontré par des publications[5] dans des revues internationales, des communications[6], des invitations à des congrès et séminaires[7], l'isolement de 40 sondes génomiques. Ces sondes, publié par l'ATCC (American Type Culture Collection), le CCIR (japonais Cancer Research Resources Bank) et l'ICRF (Imperial Cancer Research Fund, Centre de ressources génétiques), sont utilisées par de nombreux laboratoires à l'étranger, pour la recherche fondamentale et les applications cliniques. Certaines de ces sondes sont de puissants outils pour la caractérisation des cellules B et T, l'analyse de la clonalité dans les leucémies et les lymphomes, et le suivi thérapeutique (maladies résiduelles). 134 séquences génomiques ont été envoyées aux bases de données EMBL/GenBank.

En 1989, LIGM initie IMGT/LIGM-DB, la première base de données spécialisée et intégrée sur les immunoglobulines (IG) et les récepteurs T (TR).

Depuis mai 2000, et en raison de l'expansion considérable et le succès de IMGT, the international ImMunoGeneTics information system, l'activité scientifique de LIGM a été principalement consacrée à la recherche et au développement d'IMGT.

IMGT est labellisé Plateforme de bioinformatique RIO (2001), IBiSA (depuis 2007), Grand Plateau Technique pour la Recherche et l'Innovation Languedoc-Roussillon (depuis 2005), Cancéropôle Grand Sud-Ouest, ReNaBi, GDR CNRS : BiM, ACCITH, Labex MabImprove, Membre academique institutionnel de l'Association Internationale d'Informatique Médicale (IMIA) (depuis 2006).

Le système de gestion de la qualité de IMGT Montpellier France a été approuvé par Register Quality Assurance France SAS de Lloyd à la norme de système de management de la qualité suivant: ISO 9001:2008

• Oxford journals
• Oxford journals
• Agence Régionale de l'Innovation du Languedoc-Roussillon
• Frontiers in Immunology, 05 February 2014
• Computational immunology
• Nature.com