Trame
Da Capo II a lieu environ 50 ans après les événements de Da Capo. L'histoire est centrée sur Sakurai Yoshiyuki le fils de Sakura Yoshino et Otome et Yume, les petites-filles des personnages principaux de Da Capo Jun'ichi et Nemu, les frères et soeurs du jeu original. Le jeu est centré sur Hatsune (初音島, Hatsunejima), la même île que celle de Da Capo dans l'histoire originale. Yoshiyuki Sakurai est le protagoniste du jeu. Sakura et Jun'ichi sont les seuls personnages qui reviennent, et Nemu est le seul autre personnage de Da Capo à être mentionné par son nom. Moe, Mako, Kotori, Miharu et Yoriko sont également mentionnés, mais indirectement. 53 ans après les événements de Da Capo, lorsque Sakura Yoshino, lassée d'être seule depuis si longtemps, a fait le souhait devant le prototype de cerisier magique artificiel exauceur de souhait qu'elle ait un fils, Yoshiyuki Sakurai. Dans le premier arc, alors que Yoshiyuki fréquente l'Académie Kazami, sous l'école, il réveille Minatsu Amakase, un robot. Yoshiyuki l'aide à s'adapter à une vie avec les humains malgré le fait que les robots ne sont rien d'autre que de simples outils. Dans le deuxième arc, Yoshiyuki commence à avoir des sentiments pour ses demi-sœurs, Otome et Yume, les petites-filles de Jun'ichi et Nemu. Cependant, le cerisier commence à mal fonctionner et à exaucer tous les vœux, même les plus impurs, ce qui provoque de nombreux incidents à Hatsune. La situation s'aggrave progressivement et Otome doit choisir de flétrir ou non le cerisier, ce qui effacerait l'existence de Yoshiyuki dans le processus, afin de sauver Hatsune.
