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Chemistry Development Kit

Le Chemistry Development Kit (CDK) est une bibliothèque open source développée en Java pour la chémoinformatique et la bio-informatique [22]. Cette bibliothèque est disponible pour les systèmes Windows, Unix, et Mac OS X. CDK est distribué sous licence GNU LGPL.

The Chemistry Development Kit (CDK)
Description de l'image Cdklogo.svg.

Informations
Développé par Le projet CDK
Dernière version 1.2.7 ()
1.5.13 ()[1] - [2]
2.0 (, )[3] - [4]
1.5.15 ()[5]
1.5.14 ()[6]
1.5.12 ()[7]
1.5.11 ()[8]
1.5.10 ()[9]
1.5.9 ()[10]
1.5.8 ()[11]
1.5.7 ()[12]
2.1 (, )[13]
2.1.1 ()[14]
2.2 ()[15]
2.3 ()[16]
2.5 ()[17]
2.8 ()[18]
2.6 ()[19]
2.7 ()[20]
2.7.1 ()[21]
Dépôt sourceforge.net/p/cdk/code/ci/master/tree et github.com/cdk/cdk
Assurance qualité Intégration continue
Écrit en Java
Environnement Multiplate-forme
Formats lus Program database, Chemical Markup Language, MDL Molfile (d), Structure-data file (d), Format .xyz et Simplified Molecular Input Line Entry Specification
Langues Multilingue
Type Chemo-informatique/Modélisation moléculaire/Bio-informatique
Licence Licence publique générale limitée GNU version 2.0 (d) et licence publique générale limitée GNU version 2.1 ou ultérieure (d)
Site web cdk.github.io

Historique

Le projet CDK a démarré en 2000 par Christoph Steinbeck, Egon Willighagen et Dan Gezelter, les développeurs de Jmol et JChemPaint, afin de créer une base de code commun à ces deux projets. Depuis, de nombreuses personnes ont contribué au projet, permettant le développement de nombreuses fonctionnalités détaillées ci-dessous.

Bibliothèque

La bibliothèque CDK ne comporte pas d'exécutable utilisable par les utilisateurs finaux. Toutefois, CDK a été intégré dans plusieurs logiciels afin de rendre ses fonctionnalités disponibles (par exemple, CDK-Taverna, Bioclipse et Cinfony).

Fonctionnalités principales

Chemo-informatique
  • Édition et génération de molécules en 2D
  • Génération de coordonnées 3D
  • Recherche structurale (sous-structure ou structure exacte)
  • Calcul de descripteurs QSAR[23] (e.g. PubMed 16959190)
  • Calcul d'empreintes binaires (fingerprint)
  • Calcul de champs de force
  • Support de nombreux formats de fichier chimique
  • Génération de structures

Bio-informatique

Général

Notes et références
  1. « https://github.com/cdk/cdk/wiki/1.5.13-Release-Notes »
  2. « Release 1.5.13 », (consulté le )
  3. (en) Egon Willighagen, John Mayfield, Jonathan Alvarsson, Arvid Berg, Lars Carlsson, Nina Jeliazkova, Stefan Kuhn, Tomáš Pluskal, Miquel Rojas-Chertó, Ola Spjuth, Gilleain Torrance, Chris T. Evelo, Rajarshi Guha et Christoph Steinbeck, « The Chemistry Development Kit (CDK) v2.0: atom typing, depiction, molecular formulas, and substructure searching », Journal of Cheminformatics, BMC, vol. 9, no 1,‎ (ISSN 1758-2946, OCLC 320093938, PMID 29086040, PMCID 5461230, DOI 10.1186/S13321-017-0220-4)
  4. « Release 2.0 », (consulté le )
  5. « Release 1.5.15 », (consulté le )
  6. « Release 1.5.14 », (consulté le )
  7. « Release 1.5.12 », (consulté le )
  8. « Release 1.5.11 », (consulté le )
  9. « Release 1.5.10 », (consulté le )
  10. « Release 1.5.9 », (consulté le )
  11. « Release 1.5.8 », (consulté le )
  12. « Release 1.5.7 », (consulté le )
  13. « Release 2.1 », (consulté le )
  14. « Release 2.1.1 », (consulté le )
  15. « Release 2.2 », (consulté le )
  16. « Release 2.3 », (consulté le )
  17. « Release 2.5 » (consulté le )
  18. « CDK 2.8 » (consulté le )
  19. « Release 2.6 », (consulté le )
  20. « Release 2.7 », (consulté le )
  21. « Release 2.7.1 », (consulté le )
  22. Steinbeck, C.; Han, Y. Q.; Kuhn, S.; Horlacher, O.; Luttmann, E.; Willighagen, E.L. The Chemistry Development Kit (CDK): An open-source Java library for chemo- and bioinformatics. Journal of Chemical Information and Computer Sciences 2003, 43, 493-500. DOI 10.1021/ci025584y PubMed 12653513
  23. Steinbeck, C.; Hoppe, C.; Kuhn, S.; Floris, M.; Guha, R.; Willighagen, E.L. Recent developments of the chemistry development kit (CDK) - an open-source java library for chemo- and bioinformatics.. Current pharmaceutical design 2006, 12, 2111-20. DOI 10.2174/138161206777585274 PubMed 16796559

Annexes

Articles connexes
  • Bioclipse - Logiciel basé sur Eclipse/RCP pour la chemo-informatique et la bio-informatique
  • Jmol - Logiciel de visualisation 3D de molécules
  • JOELib - Version Java des logiciels OpenBabel et OELib
  • JChemPaint - Logiciel d'édition 2D de molécules

Liens externes
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