Bioclipse
Bioclipse est un logiciel de visualisation utilisé en chimie et en bio-informatique. Il est développé en langage de programmation Java sur la plateforme client riche Eclipse et est distribué sous licence open source.
| Développé par | Le projet Bioclipse |
|---|---|
| Première version | |
| Dernière version | 2.6.2 ()[1] |
| Écrit en | Java |
| Environnement | Multiplate-forme |
| Formats lus | Chemical Markup Language, Simplified Molecular Input Line Entry Specification et International Chemical Identifier |
| Type | Chemo-informatique/Bio-informatique |
| Licence | Eclipse Public License |
| Site web | www.bioclipse.net |
Bioclipse utilise une architecture à base de plugins qui hérite des fonctionnalités de base et des interfaces graphiques d'Eclipse, tels que le système d'aide, l'interface de mise à jour du logiciel, la gestion des préférences, le déploiement multiplate-forme, etc. Grâce à ces plugins, Bioclipse fournit de nombreuses fonctions pour la chémo- et la bio-informatique, et propose des possibilités d'extension qui permettent d'ajouter facilement de nouvelles fonctionnalités.
La première version stable de Bioclipse inclut un plugin CDK (back-end de chemo-informatique), un plugin Jmol pour la visualisation 3D et un plugin BioJava pour l'analyse de séquences. Bioclipse est développé par un consortium de laboratoires :
- Proteochemometric Group (université d'Uppsala, Suède) ;
- Chemoinformatics and Metabolism Team (EBI, Royaume-Uni) ;
- Division of Analytical Biosciences (université de Leyde, Pays-Bas).
Ces développements ont été enrichies par de nombreuses contributions d'autres laboratoires académiques.
Liens externes
- (en) Page officielle de Bioclipse
- (en) Page du projet sur SourceForge
- (en) Le wiki
Bibliographie
- Ola Spjuth, Tobias Helmus, Egon L Willighagen, Stefan Kuhn, Martin Eklund, Johannes Wagener, Peter Murray-Rust, Christoph Steinbeck, Jarl E.S. Wikberg
Bioclipse: An open source workbench for chemo- and bioinformatics,
BMC Bioinformatics, 2007, 8. DOI 10.1186/1471-2105-8-59