Chemical Markup Language
Le Chemical Markup Language (CML) est un format pour les données chimiques. Ce format est basé sur du XML. Il s'agit de la première implémentation spécifique à un domaine (chimie) basée strictement sur XML. Il est développé depuis plus de dix ans par Peter Murray-Rust, Henry Rzepa, ainsi que par de nombreux contributeurs. Il a été testé dans plusieurs domaines et sur une grande variété d'environnements.
| Extension | .cml |
|---|---|
| Type MIME | chemical/x-cml |
| PUID | |
| Signature | 3C 63 6D 6C 3A 6D 6F 6C 65 63 75 6C 65 20 78 6D 6C 6E 73 3A 63 6D 6C 3D 22 68 74 74 70 3A 2F 2F 77 77 77 2E 78 6D 6C 2D 63 6D 6C 2E 6F 72 67 2F 73 63 68 65 6D 61 2F 63 6D 6C 32 2F 63 6F 72 65 22 0A (hexa) |
| Développé par | |
| Version initiale | |
| Type de format |
format de fichier chimique |
| Basé sur |
L'information chimique est classiquement stockée dans différents types de format, ce qui implique l'utilisation de ces formats pour échanger de l'information sur un même projet. Le format CML permet de réunir plusieurs de ces formats en un seul. En effet, il peut décrire de nombreux concepts chimiques :
- molécules
- réactions
- spectres et données analytiques
- chimie computationnelle
- matériaux et cristallographie
De plus, la possibilité d'utiliser des dictionnaires permet d'augmenter facilement le nombre de ces concepts.
CML utilise la portabilité de XML pour aider les développeurs CML et les chimistes à produire des documents inter-opérables. De nombreux outils peuvent générer, traiter et afficher des documents CML. Les éditeurs peuvent distribuer de l'information chimique dans des documents XML grâce à CML.
Des détails complémentaires sur ce format sont régulièrement ajoutés sur le Wiki CML.
Version
Les dernières versions du schéma sont disponibles sur le site du projet sur SourceForge. La dernière version stable est le schéma CML2.2 détaillé sur CML V2.2. Le format CML1 n'est plus d'actualité et ne devrait plus être utilisé.
Bibliothèques et logiciels
Des outils toujours plus nombreux permettent d'Ă©diter et de transformer des fichiers au format CML :
- JUMBO est une bibliothèque en Java supportant tous les éléments du schéma CML2
- Jmol
- JChemPaint
- Bioclipse
- Chemistry Development Kit
- JOELib
- OpenBabel
Liens externes
- (en) Chemical Markup Language (CML) - Schéma CML, liens vers des outils, documentation et code source
- (en) Liste de discussion
- (en) Wiki CML
- (en) The original (ancien) site
- (fr) Le site de Jmol
- (en) Blue Obelisk
Références
- H. S. Rzepa, P. Murray-Rust and B. J. Whitaker The Internet as a Chemical Information Tool, Chem. Soc. Revs, 1997, 1-10. DOI 10.1039/CS9972600001
- P. Murray—Rust and H. S. Rzepa, Chemical Markup, XML, and the Worldwide Web. 1. Basic Principles, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1999, 39, 928-942. DOI 10.1021/ci990052b
- P. Murray—Rust and H. S. Rzepa, Chemical Markup, XML and the World—Wide Web. 2. Information Objects and the CMLDOM, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2001, 41. DOI 10.1021/ci000404a
- G. V. Gkoutos and P. Murray—Rust and S. Rzepa and M. Wright, Chemical Markup, XML, and the World-Wide Web. 3. Toward a Signed Semantic Chemical Web of Trust, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2001, 41, 1124-1130. DOI 10.1021/ci000406v
- E. L. Willighagen, Processing CML Conventions in Java, Internet Journal of Chemistry, 2001, 4. Abstract
- P. Murray-Rust, H. S. Rzepa and M. Wright, Development of Chemical Markup Language (CML) as a System for Handling Complex Chemical Content, New J. Chem., 2001, 618-634.
- P. Murray—Rust and H. S. Rzepa, Chemical Markup, XML and the World—Wide Web. 4. CML Schema, J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2003, 43, 757-772. DOI 10.1021/ci0256541
- P. Murray—Rust and H. S. Rzepa and J. Williamson and E. L. Willighagen, Chemical Markup, XML and the World—Wide Web. 5. Applications of Chemical Metadata in RSS Aggregators, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2004, 44, 462-469. DOI 10.1021/ci034244p
- G. L. Holliday, P. Murray-Rust, H. S. Rzepa, Chemical Markup, XML and the Worldwide Web. Part 6. CMLReact; An XML Vocabulary for Chemical Reactions, J. Chem. Inf. Mod., 2006, 46, 145-157. DOI 10.1021/ci0502698