Caenorhabditis
Caenorhabditis est un genre de nĂ©matodes vivant dans des environnements riches en bactĂ©ries. Il contient lâorganisme modĂšle Caenorhabditis elegans, ainsi que de nombreuses autres espĂšces dont le gĂ©nome a Ă©tĂ© sĂ©quencĂ©.
| RĂšgne | Animalia |
|---|---|
| Embranchement | Nematoda |
| Classe | Secernentea |
| Ordre | Rhabditida |
| Famille | Rhabditidae |
- Rhabditis (Caenorhabditis) Osche, 1952
Le nom est formĂ© des deux racines grecques caeno- (ÎșαÎčÎœÏÏ (caenos), rĂ©cent), et rhabditis (áż„ÎŹÎČÎŽÎżÏ (rhabdos), tige, bĂąton).
Liste d'espĂšces
Selon NCBI (30 octobre 2019)[2], le genre appartient Ă la sous-famille des Peloderinae avec les genres Pellioditis et Pelodera, et comprend les espĂšces suivantes :
- Caenorhabditis afra
- Caenorhabditis angaria
- Caenorhabditis astrocarya
- Caenorhabditis becei
- Caenorhabditis brenneri
- Caenorhabditis briggsae
- Caenorhabditis briggsae AF16
- Caenorhabditis briggsae x Caenorhabditis nigoni
- Caenorhabditis castelli
- Caenorhabditis dolens
- Caenorhabditis doughertyi
- Caenorhabditis drosophilae
- Caenorhabditis elegans
- Caenorhabditis guadeloupensis
- Caenorhabditis imperialis
- Caenorhabditis inopinata
- Caenorhabditis japonica
- Caenorhabditis kamaaina
- Caenorhabditis latens
- Caenorhabditis macrosperma
- Caenorhabditis maupasi
- Caenorhabditis monodelphis
- Caenorhabditis nigoni
- Caenorhabditis nouraguensis
- Caenorhabditis nouraguensis x Caenorhabditis becei
- Caenorhabditis panamensis
- Caenorhabditis parvicauda
- Caenorhabditis plicata
- Caenorhabditis portoensis
- Caenorhabditis quiockensis
- Caenorhabditis remanei
- Caenorhabditis sinica
- Caenorhabditis sonorae
- Caenorhabditis sulstoni
- Caenorhabditis tribulationis
- Caenorhabditis tropicalis
- Caenorhabditis uteleia
- Caenorhabditis virilis
- Caenorhabditis vivipara
- Caenorhabditis waitukubuli
- Caenorhabditis wallacei
- Caenorhabditis yunquensis
- Caenorhabditis zanzibari
autres espÚces de Caenorhabditis non nommées :
- Caenorhabditis sp. 1 TAC-2019
- Caenorhabditis sp. 1 TWN1898
- Caenorhabditis sp. 10 JR-2014
- Caenorhabditis sp. 10 TWN510
- Caenorhabditis sp. 11 RJ-2013
- Caenorhabditis sp. 16 NG-2017
- Caenorhabditis sp. 2 KK-2011
- Caenorhabditis sp. 2 TWN2542
- Caenorhabditis sp. 21 LS-2015
- Caenorhabditis sp. 23 AD-2012
- Caenorhabditis sp. 26 LS-2015
- Caenorhabditis sp. 3 TWN2594
- Caenorhabditis sp. 31 LS-2015
- Caenorhabditis sp. 32 LS-2015
- Caenorhabditis sp. 38 MB-2015
- Caenorhabditis sp. 39 LS-2015
- Caenorhabditis sp. 4 TWN1772
- Caenorhabditis sp. 40 LS-2015
- Caenorhabditis sp. 43 LS-2015
- Caenorhabditis sp. 5 GVDU-2019
- Caenorhabditis sp. 6 TWN1824
- Caenorhabditis sp. 7 GVDU-2019
- Caenorhabditis sp. 8 KK-2011
- Caenorhabditis sp. 8 TWN1907
- Caenorhabditis sp. 9 AC-2009
- Caenorhabditis sp. 9 TWN2033
- Caenorhabditis sp. DF5070
- Caenorhabditis sp. JLR-2009
- Caenorhabditis sp. JU727
- Caenorhabditis sp. SB341
Selon ITIS (27 mars 2011)[3] :
- Caenorhabditis briggsae
- Caenorhabditis dolichura
- Caenorhabditis elegans
- Caenorhabditis rara
Génétique
Liste des espÚces séquencées
- Caenorhabditis brenneri - génome séquencé
- Caenorhabditis briggsae - génome séquencé en 2003[4]
- Caenorhabditis elegans - génome séquencé en 1998[5]
- Caenorhabditis japonica - génome séquencé
- Caenorhabditis remanei - génome séquencé
Ătudes phylogĂ©nĂ©tiques
| Cladogramme des espĂšces de Caenorhabditis selon FĂ©lix et al. (avril 2014) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Cladogramme des espÚces de Caenorhabditis, basé sur la comparaison de séquences de l'"Internal transcribed spacer", une portion d'ADN située entre les gÚnes de la petite et de la grande sous-unité de l'ARN. |
Une Ă©tude phylogĂ©nĂ©tique rĂ©alisĂ©e en 2014 rĂ©vĂšle la prĂ©sence de deux super-groupes, 'Elegans' et 'Drosophilae et de deux groupes ('Elegans' et 'Japonica') au sein du super-groupe 'Elegans'. Cette Ă©tude rĂ©vĂšle aussi que C. nigoni est l'espĂšce-sĆur de C. briggsae tandis que C. elegans est seul, basal dans le groupe 'Elegans'[6].
Une autre étude de 2019 ajoute C. inopinata comme espÚce la plus proche de C. elegans. Elle révÚle aussi que C. monodelphis est l'espÚce la plus basale dans l'arbre phylogénétique[7].
Notes et références
- (de) Osche, G., 1952. « Systematik und Phylogenie der Gattung Rhabditis (Nematoda) ». Zoologische JahrbĂŒcher (Abt. 1), 81, p. 190â280.
- NCBI, consulté le 30 octobre 2019
- Integrated Taxonomic Information System (ITIS), www.itis.gov, CC0 https://doi.org/10.5066/F7KH0KBK, consulté le 27 mars 2011
- (en) Stein, L. D. et al., « The Genome Sequence of Caenorhabditis briggsae: A Platform for Comparative Genomics », PLoS Biology, vol. 1, no 2,â , p. 166â192 (PMID 14624247, PMCID 261899, DOI 10.1371/journal.pbio.0000045, lire en ligne)
- (en) The C. elegans Sequencing Consortium, « Genome sequence of the nematode C. elegans: a platform for investigating biology », Science, vol. 282,â , p. 2012â2018 (DOI 10.1126/science.282.5396.2012, lire en ligne)
- (en) FĂ©lix, Marie-Anne; Braendle, Christian; Cutter, Asher D. (April 11, 2014). "A Streamlined System for Species Diagnosis in Caenorhabditis (Nematoda: Rhabditidae) with Name Designations for 15 Distinct Biological Species". PLOS ONE. 9: e94723. DOI 10.1371/journal.pone.0094723
- (en) Comparative genomics of 10 new Caenorhabditis species. Lewis Stevens, MarieâAnne FĂ©lix, Toni Beltran, Christian Braendle, Carlos Caurcel, Sarah Fausett, David Fitch, Lise FrĂ©zal, Charlie Gosse and Taniya Kaur, Evolution Letters, Volume3, Issue2, April 2019, Pages 217-236, DOI 10.1002/evl3.110.
Liens externes
- (en) Référence Catalogue of Life : Caenorhabditis Osche, 1952 (consulté le )
- (en) Référence Fauna Europaea : Caenorhabditis
- (fr+en) Référence ITIS : Caenorhabditis
- (en) Référence Animal Diversity Web : Caenorhabditis
- (en) Référence NCBI : Caenorhabditis (taxons inclus)