MNase-Seq

Illustration de la digestion par MNase. La MNase (bleu) est activée par addition de Ca²⁺, et digère l’ADN linker. Elle est stoppée par l’addition d’EDTA ou d'EGTA. Ensuite, la digestion des nucléosomes (suite à digestion de l’ARN) est effectuée par la protéinase K, résultant en des brins d’ADN correspondant majoritairement à des mononucléosomes.

Cette technique repose sur le séquençage à haut débit de fragments issus de la digestion par MNase. La digestion de la chromatine par MNase est elle-même une méthode relativement simple et efficace qui permet d’identifier les régions d’ADN occupées par un ou plusieurs nucléosomes[1] - [2]. Lorsque des noyaux de cellules perméabilisées sont exposés à la MNase, en présence d’un cation divalent (par exemple le Ca²⁺), cette nucléase effectue des coupures double-brin entre les nucléosomes, comme montré sur la figure ci-contre. Le traitement de substrats chromatiniens avec de très hautes concentrations en MNase produit une majorité de mononucléosomes. Une migration sur gel, suivie d’une coupure autour de 146 paires de base (p.b.) permet de s’assurer de l’obtention d’une grande majorité de mononucléosomes. Les fragments issus de ce processus sont ensuite séquencés selon les divers protocoles de séquençage à haut débit.

Le traitement de base des données MNase-Seq est similaire à celui du ChIP-Seq, DNase-Seq et FAIRE-Seq, à l'exception près que les fragments sont en général étendus à exactement 146 p.b. de manière à refléter la taille réelle des fragments[3]. D'autres méthodes, basées sur un décalage des reads de 73 p.b. permettent également d'inférer le point médian nucléosomal, ou encore les extrémités des nucléosomes en n'effectuant aucune élongation pour chaque brin et en utilisant la coordonnée de départ de chaque read (orientée selon le brin)[4].

• ATAC-Seq