Jean-Jacques Kupiec

Il a fait des études de biologie dans les années 1970 à l'Université Paris-7 à Jussieu (aujourd'hui Université PARIS-Diderot). Il est titulaire d'un doctorat et d'une Habilitation à Diriger des Recherches (HDR). Pendant 20 ans, il a travaillé dans des laboratoires de virologie de l'INSERM en tant qu'Ingénieur de Recherche. Dans les années 1980, il a, entre autres, cloné et séquencé le génome de plusieurs virus ou paravirus, et étudié leur cycle réplicatif. Puis, dans les années 1990, il s'est consacré à l'étude de la protéase du virus du SIDA (HIV). À partir de 2004, il a travaillé exclusivement au développement d'une nouvelle théorie de l'embryogenèse.

Ses recherches interdisciplinaires concernent la biologie, l’histoire et la philosophie de la biologie. Elles convergent dans l'élaboration d’une nouvelle théorie de l’organisation biologique. Cette théorie accorde une place centrale au hasard en biologie[1]. Il a proposé en 1981 le premier modèle de différenciation cellulaire fondé sur l'expression stochastique des gènes. Depuis, il a développé le concept d'ontophylogenèse, réunissant l'ontogenèse (le développement d'un organisme individuel) et la phylogenèse (l'évolution des espèces) en un processus unique au cours duquel les cellules sont gouvernées par un darwinisme cellulaire. Pour l'illustrer, il a réalisé des modélisations de cellules qui se différencient de manière probabiliste et sont stabilisées par leur environnement (leur différenciation peut, par exemple, se manifester à l'échelle macroscopique par la formation d'un muscle ou d'un os) ; ainsi que des travaux expérimentaux (en collaboration avec Olivier Gandrillon) qui ont permis de tester les prédiction de la théorie.

En philosophie de la biologie, il a travaillé sur l'essentialisme et les origines aristotéliciennes de la génétique[2].

• Kupiec J.J. Is embryo development random? Vidéo-conférence en ligne. Congrès TimeWorld 2021, 1-3 Juillet, Paris.
• Kupiec J.J. La différenciation cellulaire. Pour la science. Dossier Hors Série Les sociétés cellulaires (no 19). Avril 1998.
• Kupiec J.J. L’ADN, entre hasard et contraintes. Pour La Science. No 385 novembre 2009, pp. 88-95.
• Kupiec J.J. Le darwinisme cellulaire. Pour la Science. Dossier Hors Série L’évolution. avril-juin 2009.
• Kupiec J.J. L’expression aléatoire des gènes. Pour La Science. No 342 avril 2006, pp. 78-83.
• Kupiec J.J. Le triomphe du principe de divergence. Sciences et Avenir No 169 Hors-série « Qu’est-ce que l’homme », décembre 2012.
• (en) Kupiec, Jean-Jacques, « A probabilist theory for cell differentiation, embryonic mortality and DNA C-value paradox », Specul. Sci. Technol., vol. 6,‎ 1983, p. 471-478.
• (en) Kupiec Jean-Jacques, « The extension of Darwinian principles to embryogenesis », Specul. Sci. Technol., vol. 9, n^o 1,‎ 1986, p. 19-22.
• (en) Kupiec Jean-Jacques, « Gene regulation and DNA C-value paradox: a model based on diffusion of regulatory molecules », Med. Hypotheses, vol. 28, n^o 1,‎ 1989, p. 7-10.
• (en) Kupiec Jean-Jacques, « A chance-selection model for cell differentiation », Cell Death and Differentiation, vol. 3,‎ 1996, p. 385-390.
• Kupiec Jean-Jacques et Sonigo Pierre, Ni Dieu ni gène : pour une autre théorie de l'hérédité, Paris, Seuil, coll. « Science Ouverte », 2000.
• Kupiec Jean-Jacques, « L'expression aléatoire des gènes », Pour la Science, n^o 342,‎ avril 2006.
• Kupiec Jean-Jacques, L'Origine des individus, Paris, Fayard, coll. « Le Temps des Sciences », 2008.
  Trad. angl. The Origin of Individuals, World Scientific, 2009
• Kupiec Jean-Jacques, Gandrillon Olivier, Morange Michel et Silberstein Marc (dir.), Le hasard au cœur de la cellule : Probabilités, déterminisme, génétique, Paris, Syllepse, 2009.
  Nouvelle édition revue et augmentée aux Éditions Matériologiques, 2011
• Kupiec Jean-Jacques, L'ontophylogenèse, Editions Quae, 2012.
  Il s'agit de la transcription écrite d'une série de conférences données à l'Inra.
• Jean-Jacques Kupiec (dir.), La Vie, et alors ?, Paris, Belin, 2013.
• Kupiec Jean-Jacques, Et si le vivant était anarchique, Paris, Les Liens qui libèrent, 2019.
• Laforge, B., Guez, D., Martinez, M., Kupiec, J.J., 2005. Modeling embryogenesis and cancer : an approach based on an equilibrium between the autostabilization of stochastic gene expression and the interdependance of cells for proliferation. Progress Biophys. Mol. Biol. 89 : 93-120.
• Kupiec J.J. L’influence de la philosophie d’Aristote sur l’élaboration de la théorie de l’évolution et sur la génétique. Revue Européenne de Sciences Sociales, 1999, Tome XXXVII No 115 : 89-116.
• Viñuelas J, Kaneko G, Coulon A, Vallin E, Morin V, Mejia-Pous C, Kupiec JJ, Beslon G, Gandrillon O. Quantifying the contribution of chromatin dynamics to stochastic gene expression reveals long, locus-dependent periods between transcriptional bursts. BMC Biol. 2013 Feb 25 ;11:15. doi : 10.1186/1741-7007-11-15.
• Kupiec, J.J., 2009. On the lack of specificity of proteins and its consequences for a theory of biological organization. Progress Biophys. Mol. Biol. 102(1):45-52.
• Kupiec, J.J., Kay, A., Hayat, M., Ravier, R., Peries, J. and Galibert, F. Sequence analysis of the simian foamy virus type 1 genome. Gene. 101(2):185-194, 1991.
• Kupiec, J.J., Giron, M.L., Vilette, D., Jeltsch, J.M. and Ravier, R. Isolation of high-molecular-weight DNA from eukaryotic cells by formamide treatment and dialysis. Analytical Biochemistry, 164:53-59, 1987.
• Angélique Richard, Loïs Boullu, Ulysse Herbach, Arnaud Bonnafoux, Valérie Morin, Elodie Vallin, Anissa Guillemin, Nan Papili Gao, Rudiyanto Gunawan, Jérémie Cosette, Ophélie Arnaud, Jean-Jacques Kupiec, Thibault Espinasse, Sandrine Gonin-Giraud, Olivier Gandrillon. Single-Cell-Based Analysis Highlights a Surge in Cell-to-Cell Molecular Variability Preceding Irreversible Commitment in a Differentiation Process. PLoS Biology, 2016 Dec 27;14(12):e1002585. doi: 10.1371/journal.pbio.1002585. eCollection 2016 Dec.

• Site de JJ Kupiec à l'ENS
• Article de Sylvestre Huet dans le journal "Le Monde" sur la démonstration expérimentale de la théorie de Kupiec

• "Il faut renoncer aux lois de Mendel" (Interview dans Pour La Science)
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