AccueilđŸ‡«đŸ‡·Chercher

Indice de fixation

L'indice de fixation (FST), aussi appelé indice de différenciation, est un indice permettant de mesurer la différenciation des populations à partir du polymorphisme génétique. En général il est calculé à partir de SNP ou de microsatellites.

Estimation

Selon Hudson et al. (1992), on peut utiliser l’estimateur suivant pour calculer la :


oĂč et reprĂ©sentent le nombre moyen de diffĂ©rences par paire entre deux individus Ă©chantillonnĂ©s Ă  partir de sous-populations diffĂ©rentes () ou Ă  partir de la mĂȘme sous-population (). La diffĂ©rence moyenne par paire au sein d'une population peut ĂȘtre calculĂ©e comme la somme des diffĂ©rences par paire divisĂ©e par le nombre de paires. Cependant, cet estimateur est biaisĂ© lorsque les tailles d'Ă©chantillon sont petites ou si elles varient entre les populations et des mĂ©thodes plus Ă©laborĂ©es sont utilisĂ©es pour calculer FST dans la pratique.

Distance génétiques

Calculées à partir de marqueurs génétiques classiques

Dans leur étude The History and Geography of Human Genes (1994), Cavalli-Sforza, Menozzi et Piazza ont calculé les distances génétiques entre 42 populations à l'aide de 120 marqueurs génétiques classiques. La table ci-dessous montrent les résultats pour quelques populations [1] :

Fst (Cavalli 1994) Africain de l'Ouest BerbĂšre Indien Iranien Proche Orientaux Japonais Basque Lappon Sarde Danois Anglais Grecque Italien
Africain de l'Ouest0164217481796145422521299168920621459148713561794
BerbĂšre164204974082631707392736619313273429315
Indien17484970154229718418459449293280272261
Iranien17964081540158105928542331417919770133
Proche-oriental145426322915801056246423329238236129208
Japonais22521707718105910560148194715581176124411751145
Basque129939241828524614810629348184119231141
Lappon16897364594234239476290667334404308339
Sarde206261944931432915583486670348340190221
Danois1459313293179238117618433434802119172
Anglais1487273280197236124411940434021020451
Grecque1356429272701291175231308190191204077
Italien179431526113320811451413392217251770

Des valeurs plus élevées sont trouvées si des groupes homogÚnes trÚs divergents sont comparés : la valeur Fst la plus élevée trouvée était de 46%, entre les Mbuti et les Papous.

Une distance gĂ©nĂ©tique de 0,125 implique que la parentĂ© entre des individus non apparentĂ©s de la mĂȘme ascendance par rapport Ă  la population mondiale est Ă©quivalente Ă  la parentĂ© entre des demi-frĂšres et sƓurs dans une population se reproduisant au hasard. Cela implique Ă©galement que si un humain d'une population ancestrale donnĂ©e a un demi-frĂšre ou une demi-sƓur mĂ©tis, cet humain est gĂ©nĂ©tiquement plus proche d'un individu non apparentĂ© de leur population ancestrale que de leur demi-frĂšre ou demi-sƓur mĂ©tis.

Calculées à partir de SNPs

Distances génétiques autosomales inter-continentales calculées à partir de SNP[2]
Europe (Nord-Américains) Afrique sub-saharienne (Yoruba) Asie de l'est (Chinois)
Europe (Nord-Américains) 0.1530 0.1100
Afrique sub-saharienne (Yoruba) 0.1530 0.1900
Asie de l'est (Chinois) 0.1100 0.1900
Distances génétiques autosomales intra-européennes et méditerranéennes calculées à partir de SNP[2] - [3] - [4]
Italiens Palestiniens Suédois Finlandais Espagnols Allemands Russes Français Grecs
Italiens 0.0064 0.0064-0.0090 0.0130-0.0230 0.0010-0.0050 0.0029-0.0080 0.0088-0.0120 0.0030-0.0050 0.0000
Palestiniens 0.0064 0.0191 0.0101 0.0136 0.0202 0.0057
Suédois 0.0064-0.0090 0.0191 0.0050-0.0110 0.0040-0055 0.0007-0.0010 0.0030-0.0036 0.0020 0.0084
Finlandais 0.0130-0.0230 0.0050-0.0110 0.0110-0.0170 0.0060-0.0130 0.0060-0.0120 0.0080-0.0150
Espagnols 0.0010-0.0050 0.0101 0.0040-0055 0.0110-0.0170 0.0015-0.0030 0.0070-0.0079 0.0010 0.0035
Allemands 0.0029-0.0080 0.0136 0.0007-0.0010 0.0060-0.0130 0.0015-0.0030 0.0030-0.0037 0.0010 0.0039
Russes 0.0088-0.0120 0.0202 0.0030-0.0036 0.0060-0.0120 0.0070-0.0079 0.0030-0.0037 0.0050 0.0108
Français 0.0030-0.0050 0.0020 0.0080-0.0150 0.0010 0.0010 0.0050
Grecs 0.0000 0.0057 0.0084 0.0035 0.0039 0.0108

Programmes permettant de calculer les FST

Bibliographie

Notes

  1. Luigi Luca Cavalli-Sforza, Paolo Menozzi, Alberto Piazza, The History and Geography of Human Genes, Princeton University Press, 1994, p.75
  2. Nelis et al. 2009, Genetic Structure of Europeans: A View from the North–East
  3. C.Tian et al. 2009, European Population Genetic Substructure: Further Definition of Ancestry Informative Markers for Distinguishing among Diverse European Ethnic Groups
  4. Deux valeurs séparées par un tiret signifient respectivement les distances minimales et maximales observées entre deux populations. Par exemple la distance 0.0130-0.0230 entre Finlandais et Italiens varie en fonction des régions de ces deux pays. La distance maximale observée (0.0230) étant entre le sud de l'Italie et le nord de la Finlande (Kuusamo) et la distance minimale (0.0130) entre le nord de l'Italie et le sud de la Finlande (Helsinki).
  5. (en) Nicholas G. Crawford, « smogd: software for the measurement of genetic diversity », Molecular Ecology Resources, vol. 10, no 3,‎ , p. 556–557 (PMID 21565057, DOI 10.1111/j.1755-0998.2009.02801.x)
Cet article est issu de wikipedia. Text licence: CC BY-SA 4.0, Des conditions supplĂ©mentaires peuvent s’appliquer aux fichiers multimĂ©dias.