Genome Taxonomy Database
La Genome Taxonomy Database (GTDB) est une base de données de taxonomie bactérienne basée sur les génomes en suivant une approche phylogénomique. Elle est devenue une base de référence pour l'identification et la classification des bactéries et est désormais utilisée par le Bergey's Manual Trust depuis 2019.
| Langues | Anglais |
|---|---|
| Type |
Base de données taxinomiques Base de données en ligne (en) |
| Licence | Creative Commons Attribution – Partage dans les mêmes conditions 4.0 International (d) |
| Site web | gtdb.ecogenomic.org |
Description
La Genome Taxonomy Database est une base de données en ligne qui conserve des informations sur une proposition de nomenclature des procaryotes, suivant une approche phylogénomique basée sur un ensemble de protéines conservées. En plus de briser les groupes paraphylétiques, cette méthode réaffecte également les rangs taxonomiques de manière algorithmique, créant de nouveaux noms dans les deux cas[1]. Des informations sur les archées ont été ajoutées en 2020, ainsi qu'une classification des espèces basée sur l'identité moyenne des nucléotides[2].
En 2019, le Bergey's Manual Trust décide d'inclure la phylogénomique dans l'ouvrage de référence en taxonomie bactérienne, le Bergey's Manual of Systematic Bacteriology en utilisant la classification de la Genome Taxonomy Database[3].
Un outil open source codé en Python appelé GTDB-Tk est disponible pour classer les ébauches de génomes dans la hiérarchie GTDB[4]. Le système GTDB, via GTDB-Tk, a été utilisé pour cataloguer des bactéries non encore nommées dans le microbiome intestinal humain et d'autres sources métagénomiques[5] - [6]. Il a permis d'améliorer les connaissances sur les Cyanobactéries et d'avancer dans l'harmonisation de leur nomenclature[7].
Références
- (en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « Genome Taxonomy Database » (voir la liste des auteurs).
- Parks, Chuvochina, Waite et Rinke, « A standardized bacterial taxonomy based on genome phylogeny substantially revises the tree of life. », Nature Biotechnology, vol. 36, no 10,‎ , p. 996–1004 (PMID 30148503, DOI 10.1038/nbt.4229)
- Parks, Chuvochina, Chaumeil et Rinke, « A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea. », Nature Biotechnology, vol. 38, no 9,‎ , p. 1079–1086 (PMID 32341564, DOI 10.1038/s41587-020-0501-8, lire en ligne)
- (en) The DSMZ, « Recent News. Incorporation of Phylogenomics into BMSAB », sur Bergeys.org, (consulté le )
- Chaumeil, Mussig, Hugenholtz et Parks, « GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database. », Bioinformatics,‎ (PMID 31730192, PMCID 7703759, DOI 10.1093/bioinformatics/btz848)
- Almeida, Nayfach, Boland et Strozzi, « A unified catalog of 204,938 reference genomes from the human gut microbiome », Nature Biotechnology,‎ (PMID 32690973, DOI 10.1038/s41587-020-0603-3)
- Nayfach, Roux, Seshadri et Udwary, « A genomic catalog of Earth's microbiomes », Nature Biotechnology,‎ (DOI 10.1038/s41587-020-0718-6)
- Dextro, Delbaje et 2021 p1392.
Voir Ă©galement
Bibliographie
- (en) Rafael B. Dextro, Endrews Delbaje, Simone R. Cotta, Jonathan P. Zehr et Marli F. Fiore, « (Minireview) Trends in Free-access Genomic Data Accelerate Advances in Cyanobacteria Taxonomy », Journal of Phycology, vol. 57, no 5 « October 2021 »,‎ , p. 1392-1402 (DOI 10.1111/jpy.13200, lire en ligne)