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Ensembl

Ensembl est un système bio-informatique d'annotation automatique de génomes. C'est un projet conjoint de l'European Bioinformatics Institute (EBI) et du Wellcome Trust Sanger Institute dont l'idée centrale est d'organiser de vastes champs d'information biologique autour de séquences génomiques.

Ensembl
base de données en ligne, base de données biologiques
Partie deGENCODE, ELIXIR EMBL-EBI Node Modifier
PaysRoyaume-Uni Modifier
Site officielhttp://www.ensembl.org/ Modifier
URLhttps://www.ebi.ac.uk/rdf/services/sparql Modifier
Point d'accès SPARQLhttps://www.ebi.ac.uk/rdf/services/sparql Modifier
Licencedomaine public Modifier
Maintenance assurée parInstitut européen de bio-informatique, centre Sanger Modifier

Annotation automatique

Pour chaque gĂ©nome analysĂ©, Ensembl tente d'identifier par un processus automatique l'ensemble des gènes qu'il contient. Il s'appuie pour cela sur des donnĂ©es de sĂ©quences existantes (ARN, protĂ©ines), qu'il « raccroche Â» sur le gĂ©nome, pour en dĂ©duire la structure des gènes.

Sur cette première strate d'annotation, celle de la structure des gènes, Ensembl va ajouter d'autres éléments, parmi lesquels :

  • variations communes (polymorphismes) ;
  • Ă©lĂ©ments rĂ©gulateurs des gènes ;
  • informations sur les protĂ©ines codĂ©es par les gènes ;
  • annotations externes, Ă  travers le Distributed Annotation System (DAS) ;
  • gènes similaires d'autres organismes ;
  • maladies gĂ©nĂ©tiques et syndromes cliniques.

Les différentes facettes d'Ensembl

Ensembl se prĂ©sente d'abord comme un « navigateur de gĂ©nomes Â» (« Genome Browser ») permettant d'explorer et de visualiser Ă  diffĂ©rents niveaux les gĂ©nomes de nombreux organismes.

Ensembl est aussi une base de données ouverte dans laquelle on peut librement venir puiser, soit directement, soit à travers une interface de programmation, soit par le système d'interrogation BioMart[1].

Enfin, Ensembl est une infrastructure logicielle ouverte qui permet de construire différents systèmes organisant des données liées aux séquences génomiques.

Culture

Le projet Ensembl est animé par une culture d'ouverture extensive, ce qui se traduit par :

  • une pluralitĂ© de modes d'accès aux donnĂ©es : par le site Web, par tĂ©lĂ©chargement, par l'interface de programmation ;
  • par l'intĂ©gration de sources de donnĂ©es externes, en particulier par le système DAS ;
  • par l'accès Ă  l'intĂ©gralitĂ© des programmes sources ;
  • par l'existence d'un HelpDesk et de listes de discussion.

Notes et références

Voir aussi


Sites

Liens externes

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