Distance génétique (génétique des populations)

En taxonomie, la distance génétique est une mesure de la divergence génétique entre deux populations ou molécules[H 1].

Historiquement, cette mesure était uniquement déduite des différences de fréquence allélique, mais aujourd'hui d’autres informations sont aussi parfois utilisées[H 1].

Méthodes de calcul

Plusieurs méthodes de calcul de la distance génétique ont été proposées. Sont ici indiquées les plus courantes.

Tout le long de cet article, nous noterons $X$ et $Y$ les deux populations étudiées, et respectivement $X_{u}$ et $Y_{u}$ les fréquences pour le u-ème allèle du l-ième loci. On examine $L$ loci.

Distance génétique de Nei

Cette mesure a été proposée en 1972[R 1] par le biologiste nippo-américain Masatoshi Nei sous la forme suivante :

${\begin{aligned}D=-\ln {\frac {\sum \limits _{l}\sum \limits _{u}X_{u}Y_{u}}{\sqrt {(\sum \limits _{l}\sum \limits _{u}X_{u}^{2})(\sum \limits _{l}\sum \limits _{u}Y_{u}^{2})}}}\end{aligned}}$

$D$ varie entre 0 et l’infini. Ce modèle suppose que les différences génétiques entre les deux populations sont dues à la dérive génétique et à des mutations[R 1].

Représentations graphiques

On souhaite souvent comparer plus de quatre populations ou molécules ce qui pose le problème d’une représentation efficace de ces données. La solution généralement adoptée consiste à ramener les données à une représentation en deux ou trois dimensions, à l’aide des méthodes développées en statistique multivariée, et notamment l’analyse en composantes principales[H 2].

Voir aussi

Indice de fixation ( $F_{ST}$ )

Notes et références

Références

(en) Mark Jobling, Edward Hollox, Matthew Hurles, Toomas Kivisild et hris Tyler-Smith, Human Evolutionary Genetics : Second edition, New York and London, Garland Science, 2014, 690 p. (ISBN 978-0-8153-4148-2), « 6.3. MEASURING GENETIC DISTANCE », pp. 173-182

p. 173
« Genetic distance and population structure can be represented using multivariate analyses », p. 179-180

Autres références

(en) Nei, M., « Genetic distance between populations », Am. Nat., vol. 106,‎ 1972, p. 283–292 (DOI 10.1086/282771)

Notes

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