BRENDA
BRENDA est une base de données sur les enzymes. Elle est entretenue et développée par l'Institut de biochimie de l'Université de Cologne. Les données sur les fonctions enzymatiques sont extraites directement de la littérature primaire. Des vérifications formelles ainsi que des vérifications de cohérence sont effectuées par des programmes informatiques ; de plus chacune des données introduites est vérifiée "manuellement". La dernière révision remonte à et comprenait :
- Importante accélération de la vitesse de mise à jour
- DĂ©veloppement d'un nouveau fureteur de l'arborescence EC
- Fureteur de l'arborescence de la taxonomie
- Moteur de recherche des sous-structures chimiques pour les structures des ligands
- Développement d'un vocabulaire contrôlé
- Ontologie de certains champs d'information
- Lexique des noms de ligands.
Utilisation
La base de données couvre 40 entrées, avec des informations à propos de la nomenclature, des réactions, de la spécificité, de la structure de l'enzyme, de sa méthode d'isolation ou de préparation, les références dans la littérature scientifique et des références croisées pour la séquence ou la structure 3D.
La base de données est accessible gratuitement pour des usages académiques et sans but lucratif, les usages commerciaux ont besoin d'acquérir une licence. Pour utiliser la base de données, il est nécessaire de s'enregistrer par email. La base de données peut être parcourue par la nomenclature EC, le nom de l'enzyme, l'organisme ou une recherche avancée combinant ces entrées.
Autres bases de données
Texte anglais Ă traduire :
BRENDA also links to other databases. Including KEGG which provides information about the pathway that the enzyme is involved in. It also links to gene ontology information through the GO website. There is also links to the literature through PubMed. Other databases that BRENDA link to include:
- ExPASy
- NCBI databases (Protein, nucleotide, structure, genome, OMIM, Domains
- IUBMB enzyme nomenclature
- PDB database (3D information)
- PROSITE
- SYSTERS
- Protein mutant database
- SCOP
- CATH
- InterPro
Références
- Springer Handbook of Enzymes, Schomburg, D., Schomburg, I. (2001) 2d Ed. Springer, Heidelberg
- Enzyme data and metabolic information: BRENDA, a resource for research in biology, biochemistry, and medicine Schomburg, I., Hofmann, O., Bänsch, C., Chang, A., Schomburg, D. Gene Funct. Dis. (2000) 3-4, 109-18
- BRENDA, enzyme data and metabolic information. Schomburg, I., Chang, A., Schomburg, D.Nucleic Acids Res. (2002) 30, 47-9
- BRENDA: a resource for enzyme data and metabolic information. Schomburg I., Chang A., Hofmann O., Ebeling C., Ehrentreich F., Schomburg D. Trends Biochem. Sci. 2002 Jan;27(1):54-6.
- Review of the BRENDA Database. Pharkya P., Nikolaev E.V., Maranas C.D. Metab Eng. 2003 Apr;5(2):71-3.
- BRENDA, the enzyme database: updates and major new developments. Schomburg I., Chang A., Ebeling C., Gremse M., Heldt C., Huhn G., Schomburg D. Nucleic Acids Res. 2004 Jan 1;32 Database issue:D431-3.