Un jour de mai

Kenshin, pour la première fois depuis longtemps, rêve de la fin de la période Edo, et notamment du Shinsen Gumi, ses pires ennemis.

À la surprise de Kaoru et Yahiko, il leur raconte un peu cette période, sans s'en rendre compte, et se demande pourquoi en rêver maintenant.

Pendant ce temps Sanosuké, qui attend au dôjô kamiya en espérant se faire inviter, voit un vendeur de médicament arriver. Celui-ci se présente sous le nom de Gorô Fujita. Mais Sanosuké n'est pas dupe, et comprend que Gorô est expert en sabre. Ce dernier, sans hésiter, sort alors son sabre et attaque Sanosuké.

Gorô blesse Sanosuké à l'épaule, puis sa canne cassée utilise ses poings pour l'assommer.

Au retour au dôjô, Kenshin, Kaoru, Yahiko et Megumi, rencontrée en chemin, trouvent Sanosuké inconscient, et une partie du mur défoncé.

Gorô retrouve son commanditaire, M. Shibumi, également l'instigateur de Jinné Udô, le Chapeau noir. Gorô est en réalité Hajimé Saïto, ancien du Shinsen Gumi, maintenant officier de police.

Kenshin, voyant l'ampleur des dégâts et aussi le symbole sur la boîte de médicaments abandonnée, comprend qui est son adversaire.

Arundo Akamatsu, autre tueur, en veut à Hajimé qui a pris sa place. Celui-ci lui propose donc de le laisser tuer Kenshin.

Kenshin reçoit une lettre de duel, et se rend sur les lieux, croyant trouver Hajimé. Mais il est accueilli par Arundo.

Pendant ce temps, au dôjô, Hajimé rencontre Kaoru et Yahiko, en tant que policier, et leur annonce que la vie de Kenshin est menacée.

Kenshin parvient à neutraliser Arundo, qui a le temps de lui avouer que lui et Hajimé travaillent pour des hommes politiques.

De retour au dôjô, Kaoru l'accueille, mais Hajimé lui dit qu'il est plutôt faible vu le temps qu'il a mis à vaincre Arundo.

Hajimé fait la leçon à Kenshin, lui disant qu'il s'est affaibli en s'interdisant de tuer. De plus lui Hajimé aurait pu tuer Kaoru et Yahiko à n'importe quel moment, non soupçonné car policier.

Kenshin cependant reste ferme dans sa décision de ne plus tuer. Hajimé alors le défie en duel. Kaoru cependant a un mauvais pressentiment, la peur que Kenshin vagabond ne disparaisse.

Le combat s'engage, et rapidement Kenshin est touché à la poitrine.

Kenshin parvient à éviter une blessure trop importante. Mais le combat se poursuit, et à l'horreur de Kaoru Kenshin redevient presque Battosaï l'assassin, annonçant qu'il va tuer Hajimé.

Kenshin alors utilise le côté tranchant de son sabre, et détruit l'arme de Hajimé. Celui-ci cependant ne se laisse pas faire.

Sanosuké, soutenu par Megumi, arrive, et dit à Kaoru que personne ne peut arrêter le duel, ils se battent à la fin de la période Edo et non à l'ère Meiji.

Alors que les deux adversaires s'élancent malgré le cri de Kaoru, le combat est soudainement arrêté par l'arrivée de Toshimichi Ôkubo, actuel ministre de l'intérieur et ancien patriote du fier de Satsuma.

Hajimé repart en annonçant que Kenshin ne peut leur être utile tandis que Battosaï l'est complètement.

Kenshin, reprenant ses esprits, exige de Toshimichi des explications, et celui-ci ne peut qu'obtempérer.

Makoto Shishio, successeur de Battosaï l'assassin, supposé être mort lors de la bataille de Boshin mais tué par ses collègues car il en savait trop, est vivant et prépare sa vengeance. À la tête d'une armée de psychopathes ou trafiquants de drogue, il prépare une guerre qui risque de diviser le Japon en deux.

Toshimichi souhaiterait donc que Kenshin tue Makoto, qui est à Kyōto.

Mais Kaoru, soutenue par Yahiko, Sanosuké, Megumi, annonce que jamais ils ne laisseront Kenshin partir et redevenir un assassin.

Toshimichi donne alors une semaine à Kenshin pour se décider.

Hajimé, pendant ce temps, élimine Arundo et Shibumi, au nom de la lutte contre la corruption.

Une semaine plus tard, alors même que Kenshin va à sa rencontre, Toshimichi est assassiné par Sôjirô, à la solde de Makoto. Juste après un groupe de sept samourais tentent aussi d'assassiner le ministre de l'intérieur, et voyant qu'il est déjà mort revendiquent l'assassinat car il n'y a aucun témoin.

Kenshin passe la journée à faire le point avec Hajimé à la préfecture de police, et rentre au dôjô, où Kaoru était en train de se dire qu'il était en retard. Megumi et Sanosuké sont allés à la gare, celle-ci étant appelée par une urgence médicale. Yahiko dort déjà.

Kenshin raconte alors à Kaoru, tout d'abord heureuse de le revoir, qu'il va partir à Kyôto. Pour tous ses adversaires il est Battosaï, et il la mettrait en danger en restant avec elle. De plus tout au fond de son cœur se cache une folie assassine immuable.

Prenant Kaoru dans ses bras, il la remercie pour tout et lui dit adieu, partant errer à nouveau. Celle-ci s'effondre, en larmes, et voit Kenshin disparaître dans la nuit.