Saison 3 du Bureau des légendes

Malotru est désormais otage de Daech. Il est transporté de camp en camp. Le bureau tente de prendre contact avec les ravisseurs, par l'intermédiaire d'un trafiquant d'antiquités volées, Shahanah et via Nadia, qui a obtenu un poste à la Commission européenne. Phénomène est prise de crises d'angoisse et ne parvient plus à partir en mission. Sisteron va en Syrie prendre contact avec une unité kurde et revient avec un document important, un plan d'aiguillage SNCF.

Malotru arrive dans un camp où il est pris en charge par un colosse, qui s'avère être un agent du FSB. Il lui demande d'informer ses chefs de sa présence. Sisteron se lie avec une combattante kurde, Esrin Gunei. La carte SNCF s'avère être un message codé. Duflot cherche à redonner le moral à Phénomène. Cette dernière quitte cependant le bureau.

L'agent russe arrive à rencontrer ses chefs qui lui demandent de faire patienter Malotru. Dans sa recherche d'emploi, Phénomène est approchée par hasard par un recruteur, qui s'avère être un agent du Mossad, se faisant passer — ironiquement — pour un agent de la DGSE. Sisteron sauve la vie de son amie kurde. La carte SNCF va servir pour dialoguer avec un haut responsable militaire de Daech, ancien officier supérieur du régime de Saddam Hussein qui collaborait à l'époque avec les services français sous le nom de code de Cochise. De son côté Nadia ne veut plus être compromise avec le revendeur d'œuvres d'art volées.

La carte SNCF transmise par le bureau pour dialoguer avec le commandant de Daech s'avère fructueuse. Cet officier supérieur de Daech souhaite faire défection. C'est Duflot qui ira récupérer Cochise à la frontière entre la Syrie et l'Irak. Le Mossad demande à Marina de se rendre à une conférence en Azerbaïdjan. Comprenant qu'il est baladé, Malotru provoque l'agent du FSB et le contraint à prendre la fuite avec lui.

Shahanah a été assassiné, ce qui rompt le canal de communication de la DGSE avec Daech. Duflot se prépare à partir sur le terrain, et c'est Marie-Jeanne qui reprend la direction du bureau. Une unité de soldats français infiltrés enquête sur le terrain. Malotru et l'agent du FSB se dirigent vers la frontière. Entre les deux derniers barrages, l'agent du FSB est abattu. Malotru parvient à s'échapper en restant caché sous un camion.

Malotru réussit à s'échapper et se rapproche d'une ferme. L'unité militaire sur le terrain continue d'enquêter. Marina fait sa première conférence à Bakou et est invitée à rester travailler dans un centre de recherches sismologiques, qui s'avère être critique pour surveiller les centrales nucléaires iraniennes. La sécurité du centre veille. Henri est sur place pour rencontrer l'officier déserteur dans un no-man's land. De manière imprévue, un combattant rival de Daech suit Cochise et vient à leur rencontre.

La rencontre entre Henri Duflot et l'officier supérieur de Daech, ancien officier de Saddam Hussein a lieu, au cours duquel Duflot pose comme préalable à l'exfiltration de Cochise, la libération de Malotru. Henri est blessé par un autre officier de Daech et doit être soigné d'urgence. Son état semble se stabiliser, puis il meurt dans l'ambulance avant son rapatriement. Phénomène a de nouvelles crises d'angoisse à Bakou et veut rentrer.

Le corps d'Henri Duflot est rapatrié. Une cérémonie à huis clos réunit tout le bureau. Phénomène parvient à implanter un virus dans un des ordinateurs du réseau de surveillance sismique qui dispose d'un accès aux centrales iraniennes. L'opération de libération de Malotru se déroule via Cochise et avec l'aide des Américains, qui fournissent un drone d'attaque en échange de la possibilité de faire interroger Guillaume par le Docteur Balmes. Récupéré, Guillaume s'échappe du bateau de retour.

Guillaume s'est emparé de faux passeports appartenant à d'autres clandestins avant de partir en Syrie. Il s'en sert pour traverser l'Europe et revenir en France. Marie-Jeanne va se servir de Nadia et de Prune pour remonter sa trace. Marina est démasquée par Oron, l'agent du Mossad qui se faisait passer pour un agent de la DGSE. Elle est enfermée dans sa salle de bain. Guillaume reprend contact avec sa fille.

Oron appelle ses supérieurs du Mossad, qui envoient une équipe pour éliminer Marina. Grâce au code qu'elle a établi avec Simon, elle parvient à le joindre puis à prendre contact avec le bureau qui lui sauve la mise in extremis. Guillaume est parvenu à contacter Nadia El Mansour via son secrétariat. Il organise un rendez-vous avec elle. Marie-Jeanne intercepte la conversation et s'impose, avec la CIA, lors du rendez-vous. Nadia utilise alors la procédure d'urgence établie entre elle et Guillaume du temps où ils étaient amants, pour préserver la liberté de Guillaume. Le gouvernement français lâche la révolte kurde, qui se fait bombarder par les forces turques. L'amie kurde de Sisteron fait partie des victimes.