SOAPdenovo
SOAPdenovo est un logiciel d'assemblage de novo de courtes séquences d'ADN produites par un séquenceur de gènes [1]. Cet outil fait partie de la suite logicielle SOAP (Short Oligonucleotide Analysis Package)[2].
SOAPdenovo
| Développé par | Institut de génomique de Pékin |
|---|---|
| Dernière version | r240 |
| Environnement | UNIX (Linux, Mac OS X) |
| Type | Bio-informatique |
| Licence | GPL version 3.0 |
| Site web |
Historique
SOAPdenovo a été développé en 2009 par l'Institut de génomique de Pékin. Ce logiciel a été utilisé pour la première fois dans un projet visant à assembler de novo la séquence du génome humain, et ce, de manière rapide et économique[3]. Le même logiciel fut utilisé un an plus tard pour assembler, de la même façon, le génome du panda géant[4].
Notes et références
- Illumina GA
- BGI Americas Bioinformatics Software
- Li R, Zhu H, Ruan J et al., De novo assembly of human genomes with massively parallel short read sequencing. Genome Research FĂ©v 20(2), 2009, p. 265-272.
- Li R, Fan W, Tian G et al. (2010) The sequence and de novo assembly of the giant panda genome. Nature 463:311-317.
Voir aussi
Liens externes
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