Mark of the Ninja

La furtivité est une facette dominante dans le gameplay du jeu : lorsque le personnage est repéré par des gardes ou par des chiens, ces derniers sont beaucoup plus vigilants[5] et commencent à inspecter les différents recoins de la pièce ou du bâtiment dans lequel ils se trouvent. Au bout d'une quinzaine de secondes sans être à nouveau repéré, les gardes reprennent leur ronde habituelle. Si le ninja se fait repérer par un groupe gardes, il est préférable pour lui de s'enfuir le plus rapidement possible et se cacher dans une trappe ou grimper sur un mur : se placer dans une cachette de l'environnement (jarre, caisse…) n'empêche pas les gardes de l'en extirper.
En mode facile les bruits causés en courant ou en brisant des éléments du décor sont représentés par des « ondes de choc » blanches partant de l'origine du son jusqu'aux limites où le son est audible. En mode expert les bruits provoqués ne sont pas indiqués : il faut faire preuve de plus de prudence, ou très bien connaitre la portée des sons. En utilisant la voie du silence, le ninja ne fait plus de bruit lorsqu'il court.

En réalisant des « succès » ou en progressant dans l’aventure, le joueur débloque des voies. Ces voies correspondent aux différentes tenues portées par le héros ainsi qu'aux capacités spéciales qu'il sera amené à posséder, ou encore à l'équipement qu'il aura emporté tout au long du jeu. Il existe six voies différentes, chacune correspondant plus ou moins à une façon de jouer différente.

• La voie du Ninja : C'est la voie utilisée au début du jeu. Elle correspond à la tenue standard et permet d’utiliser toutes les capacités de base du ninja.
• La voie de la Marque : C'est une voie qui offre la capacité spéciale de téléportation, mais qui en contrepartie empêche l'utilisation d'un objet de distraction.
• La voie de la Puissance : Cette voie octroie un bonus des points de vie grâce à un blindage supplémentaire. Elle permet de faire chuter les ennemis au sol plus facilement mais empêche de ralentir le temps avec la capacité « concentration ». Cette voie plus offensive permet de combattre plus souvent frontalement les ennemis. Toutefois le blindage supplémentaire n'offre pas une résistance accrue face aux balles de fusil en mode expert.
• La voie du Chasseur : Cette voie propose d’exécuter des mises à mort plus rapidement car l'action contextuelle (ou QTE) lors du « killmove » (cinématique lorsqu'un ennemi est exécuté par derrière) disparait. Il est en outre possible de porter un objet d'attaque supplémentaire.
• La voie du Silence : C'est une des voies les plus techniques. Avec cette voie il est possible de ne faire aucun bruit en courant, et de transporter deux objets de distraction. Il n'est en contrepartie plus possible d'assassiner les ennemis. C'est aussi la voie qui permettra de faire les scores les plus élevés si le ninja n'est pas repéré, et aucun ennemi tué.
• La voie du Cauchemar : La voie du cauchemar permet de terrifier les gardes proches d'un garde qui vient d'être tué. Les ennemis terrifiés tirent dans tous les sens, même s'ils n'ont à aucun moment repéré le ninja. Cette voie interdit l'usage d'un objet de distraction.