Nous sommes six mois après la fin de Full Metal Panic!. Sôsuke est toujours en mission auprès de Kaname. Cependant, une organisation secrète du nom d'Amalgame fait son apparition, obligeant Mithril à veiller sur tous les fronts...
La suite de Full Metal Panic! et Full Metal Panic? Fumoffu est, d'après les fans, digne des séries précédentes. Là où la série originale faisait la part belle à l'action, et la seconde série à l'humour, celle-ci renoue avec les origines de Full Metal Panic!.