Et le temps s'écoula...

Face à son adversaire, affaibli, Kenshin se rend compte qu'il ne peut vaincre, et ferme les yeux pour se fier uniquement à son intuition pour porter un dernier coup. Mais au moment où il frappe il remarque que Tomoe s'est interposée, et la blesse mortellement. Le couteau que celle-ci tenait tombe, lui faisant une deuxième entaille à la joue. Tomoe meurt heureuse dans les bras de son mari.

Mais Enishi, revenu de la maison de Kenshin, voit avec horreur ce dernier tuer sa sœur et s'enfuit.

Plusieurs jours plus tard, Kenshin abattu ne comprend toujours pas, et en lisant le journal de sa femme il se rend compte qu'il est l'assassin de son fiancé.

Katsura Kogorô vient le voir et lui demande de venir se battre en première ligne, au grand jour. Kenshin accepte pour ne pas rendre futiles tous les crimes qu'il a commis, mais annonce qu'après la victoire il ne tuera plus jamais.

Pendant ce temps, le remplaçant de Battosai, Makoto Shishio, élimine le traître qui a livré les patriotes au Shinsen Gumi.

Kenshin termine son histoire en disant qu'il a rencontré une dernière fois Enishi, dont les cheveux étaient devenus blancs, durant une des grandes batailles de la restauration Meiji.

Le groupe se sépare sans rien ajouter.

Ne pouvant dormir, Kaoru et Megumi parlent du caractère de Tomoe et du malheureux destin des deux amoureux.

En discutant avec Sanosuké, Yahiko explique qu'il veut devenir fort, pour de vrai, pour pouvoir protéger ceux qui souffrent devant ses yeux.

Le lendemain, voyant toute l'agitation du dojo, et entouré par ses amis, Kenshin décide de ne pas se laisser abattre et de protéger ceux qui lui sont chers.

Kaoru, cherchant un moyen d'empêcher le combat, se rend compte que le journal intime de Tomoe est une pièce importante de l'histoire. Quand Kenshin lui dit qu'il l'a laissé à Kyōto, elle envoie un message à Misao, qui aussitôt se met en route pour Tōkyō accompagnée de Aoshi.

La veille du combat décisif, Kaoru montre à Yahiko un des arcanes de l'école, technique de parade très efficace mais qui ne laisse pas droit à l'erreur. Puis accompagnée de Sanosuké elle se met à la recherche de Kenshin.

Grâce à Tsubamé, elle le retrouve dans un champ de bambous, alors qu'il allait s'entraîner.

Kaoru exprime le souhait que, l'époque évoluant et la bataille terminée, tout le monde puisse vivre en paix, mais Kenshin explique que le groupe se séparera probablement, chacun suivant sa propre voie.

Kaoru alors lui dit qu'elle souhaiterait rester pour toujours près de lui. Kenshin lui fait en retour comprendre qu'il considère déjà le dojo comme sa maison.

À Tōkyō, Chô rencontre son chef Hajimé, qui est sur une grosse affaire impliquant celui qui a vendu des armes à Makoto Shishio, c'est-à-dire Enishi.

Le jour du défi, Kenshin organise la défense du dojo.

Les dix adversaires arrivent en montgolfière, à la faveur de la nuit, et sans hésiter Kujiranami se prépare à tirer avec son canon.

Aidé par Sanosuké, qui a réparé son Zanbatō, Kenshin met hors d'état de nuire Kujiranami.

Sanosuké fait alors face à Banjin et sacrifie son Zanbatō sur sa carapace en acier, mais sans résultat.

Kenshin de son côté s'interpose entre Hyōko Otowa et le dojo.

Yahiko comprend que Kenshin a confiance dans Sanosuké, qui n'a pas besoin de se défendre, et souhaite lui aussi un jour pouvoir être aux côtés de celui qu'il admire.

Gein alors décide que c'est à lui d'intervenir.