La saison 1946 du Championnat du Pérou de football est la dix-huitième édition du championnat de première division au Pérou. Les huit clubs participants sont regroupés au sein d'une poule unique où ils s'affrontent trois fois au cours de la saison. À la fin de la compétition, le dernier du classement est directement relégué et remplacé par le champion de Segunda División, la deuxième division péruvienne.
C'est le club d'Universitario de Deportes, tenant du titre, qui remporte à nouveau la compétition après avoir terminé en tête du classement final du championnat, avec un seul point d'avance sur le Club Centro Deportivo Municipal et quatre sur le duo Sport Boys-Sucre FC. C'est le 6e titre de champion du Pérou de l'histoire du club, qui devient à cet instant le club le plus titré du pays.
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V. López (22)