La saison 1939 du Championnat du Chili de football est la septième édition du championnat de première division au Chili. Le championnat change de formule cette saison et se déroule en trois phases. Lors de chacune des phases, les clubs s'affrontent deux fois, à domicile et à l'extérieur ; le dernier du classement est éliminé à l'issue des deux premières phases. Le titre de champion est décerné à la formation qui obtient le plus grand nombre de points sur l'ensemble des trois phases.
C'est le Colo Colo qui remporte la compétition, après avoir terminé en tête du classement final, avec huit points d'avance sur le CD Santiago Morning et dix sur Audax Italiano. C'est le deuxième titre de champion du Chili de l'histoire du club, qui remporte logiquement le trophée après avoir terminé en tête à l'issue des trois phases.
Avant le début du championnat, le club d'Unión Española est forfait et est remplacé par le Santiago National FC.