ChIP-on-Chip

1. Liaison covalente in vivo des protéines à l'ADN, en général par l'utilisation de formaldéhyde
2. Extraction de l'ADN de la cellule
3. Découpage de l'ADN en courts brins (Par exemple par sonication)
4. Sélection des fragments (associés à la protéine étudiée) grâce à un anticorps correspondant
5. Précipitation des complexes ADN-protéine-anticorps, élimination du surnageant (i.e. ADN non associé à la protéine d'intérêt)
6. Séparation du complexe ADN-protéine pour ne garder que l'ADN (avec de la protéinase K par exemple)

On obtient ainsi une collection de fragments d'ADN d'assez courte taille et dont on sait qu'ils interagissent avec une protéine d'intérêt (celle sélectionnée par l'anticorps en (4)).

On utilise ensuite une puce à ADN en vue d'identifier les fragments recueillis dans la première partie. On a en effet une collection de fragments dont on sait qu'ils interagissent avec une protéine d'intérêt. Il est évidemment intéressant de mieux caractériser ces fragments, dans le but de les localiser sur le génome ou d'étudier leur séquence même. Des caractéristiques communes des fragments (polarité, séquences consensus...) peuvent être mises en évidence. D'autre part, on peut mettre en évidence de nouveaux gènes régulés par la protéine d'intérêt.

La méthode ChIP est suivie, dans la technique "ChIP on chip", d'une analyse sur puce. Il est néanmoins à noter que l'utilisation de puces à ADN pour l'identification et la caractérisation des fragments n'est pas obligatoire. On peut aussi utiliser une classique PCR pour identifier des fragments connus et vérifier leur présence ou leur absence.

L'utilisation de puce à ADN en deuxième partie permet cependant d'accélérer le processus d'identification des séquences, puisqu'on teste potentiellement plusieurs milliers de séquences à la fois. La PCR restreint l'étude à un fragment à la fois, mais est moins coûteuse.