Nexus (format de fichier)
Le format de fichier extensible NEXUS est largement utilisé en bio-informatique. Ces fichiers stockent des informations concernant les taxons, les caractères morphologiques et moléculaires, les distances, les codes génétiques, les estimations, arbres, etc[1]. Plusieurs programmes phylogénétiques populaires comme PAUP*[2], MrBayes[3], Mesquite[4], MacClade[5] et SplitsTree[6] utilisent ce format. Rajoutons aussi les analyses de délimitation par Poisson Tree Process (arbres produits selon des lois de Poisson)[7].
| Extensions | .nex, .nxs, .nxz |
|---|---|
| Type MIME | application/octet-stream |
| Signature | 20 73 78 4E (hexa) |
| Développé par |
Istituto di Scienza e Tecnologie dell'Informazione (en), Conseil national de la recherche |
Suivre ce lien pour un convertisseur de formats d'Ă©criture de distances par paire de bases.
Syntaxe
Un fichier NEXUS est constitué d'un en-tête fixe #NEXUS suivi de multiples blocs. Chaque bloc commence par BEGIN block_name; et se finit par END;. Les mots-clés sont insensibles à la casse. Les commentaires sont mis entre crochets [...]​[8].
Il y a quelques noms de blocs prédéfinis pour les types de data les plus communs. Par exemple[8] :
- TAXA block
- Le "TAXA block" contient des informations concernant les taxons.
- DATA block
- Le "DATA block" contient les matrices de data (ex: alignement de séquence).
- TREES block
- Le "TREES block" contient des arbres phylogénétiques décrits en utilisant le format Newick, e.g.
((A,B),C);:
Les exemples suivants utilisent les trois types de blocs ci-dessus :
#NEXUS
Begin TAXA;
Dimensions ntax=4;
TaxLabels SpaceDog SpaceCat SpaceOrc SpaceElf
End;
Begin data;
Dimensions nchar=15;
Format datatype=dna missing=? gap=- matchchar=.;
Matrix
[ Quand une position est un "matchchar", ça veut dire qu'elle est similaire que la première entrée à la même position. ]
SpaceDog atgctagctagctcg
SpaceCat ......??...-.a.
SpaceOrc ...t.......-.g. [ pareil que atgttagctag-tgg ]
SpaceElf ...t.......-.a.
;
End;
BEGIN TREES;
Tree tree1 = (((SpaceDog,SpaceCat),SpaceOrc,SpaceElf);
END;
Références
- (en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « Nexus file » (voir la liste des auteurs).
- Maddison DR, Swofford DL, Maddison WP, « NEXUS: An extensible file format for systematic information », Systematic Biology, vol. 46, no 4,‎ , p. 590–621 (PMID 11975335, DOI 10.1093/sysbio/46.4.590)
- PAUP* « https://web.archive.org/web/20060903115314/http://paup.csit.fsu.edu/index.html »(Archive.org • Wikiwix • Archive.is • Google • Que faire ?), — Phylogenetic Analysis Using Parsimony *and other methods
- MrBayes
- Mesquite: A modular system for evolutionary analysis
- MacClade
- Huson and Bryant, Application of Phylogenetic Networks in Evolutionary Studies, Mol Biol Evol (2005) 23 (2): 254-267. https://doi.org/10.1093/molbev/msj030
- « bPTP server: a Bayesian implementation of the PTP model for species delimitation »
- Detailed NEXUS specification
Liens externes
- (en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « Nexus file » (voir la liste des auteurs).
- NEXUS file format — explications détaillées avec exemples
- NEXUS format — une bonne description du format et son utilisation sur le terrain
- Nexus to phyloXML converter
- NeXML
- Nexus to Fasta converter