Metal Gear Solid Mobile

L'histoire se déroule entre Metal Gear Solid et Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty, après que Revolver Ocelot ait divulgué au monde entier des informations techniques sur Metal Gear REX. En guise de contre-mesure, Solid Snake et Otacon forment Philanthropy, une organisation anti-Metal Gear dont l'objectif est l'éradication complète de tous les Metal Gear. Otacon reçoit rapidement sa première piste pour le développement d'une nouvelle Metal Gear. Le Dr Victoria Reed, programmeur d'IA, a accepté de révéler de nouveaux détails sur la Metal Gear en échange d'une aide pour son évasion.

Cependant, au milieu de la mission, il s'avère que Victoria Reed veut dire VR. Snake découvre que l'Otacon à qui il parle fait partie d'une simulation VR géante. L'Otacon du monde extérieur fait alors irruption et aide Snake à sortir de la simulation VR. Snake combat "The Commander" au sommet d'un Metal Gear Rex VR. Après l'avoir vaincu, Snake se réveille et entend des voix anonymes lui parler. Elles disent que si Snake s'est avéré utile, il n'a pas réussi à leur fournir les données de combat dont ils avaient besoin pour le projet, et elles ordonnent à quelqu'un d'effacer tous les souvenirs de la simulation et de le renvoyer là où ils l'ont kidnappé. Une voix anonyme dit alors qu'ils ont déjà trouvé le deuxième sujet de test. Une des voix dit alors, « ...Voyons si Jack peut faire mieux ».