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Inférence bayésienne en phylogénie

L'inférence bayésienne de la phylogénie est la combinaison des informations dans l'a priori et dans la vraisemblance des données pour créer la soi-disant probabilité postérieure des arbres, qui est la probabilité que l'arbre soit correct compte tenu des données, de l'a priori et du modèle de vraisemblance. L'inférence bayésienne a été introduite dans la phylogénétique moléculaire dans les années 1990 par trois groupes indépendants : Bruce Rannala et Ziheng Yang à Berkeley[1] - [2], Bob Mau à Madison[3], et Shuying Li à l'Université de l'Iowa[4], les deux derniers étant doctorants à l'époque. L'approche est devenue très populaire depuis la sortie du logiciel MrBayes en 2001[5], et est maintenant l'une des méthodes les plus populaires en phylogénétique moléculaire.

Notes et références

Notes

(en) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé « Bayesian inference in phylogeny » (voir la liste des auteurs).

    Références

    1. (en) Rannala et Yang, « Probability distribution of molecular evolutionary trees: A new method of phylogenetic inference », Journal of Molecular Evolution, vol. 43, no 3, , p. 304–311 (PMID 8703097, DOI 10.1007/BF02338839, Bibcode 1996JMolE..43..304R, S2CID 8269826)
    2. (en) Yang et Rannala, « Bayesian phylogenetic inference using DNA sequences: a Markov Chain Monte Carlo Method », Molecular Biology and Evolution, vol. 14, no 7, , p. 717–724 (PMID 9214744, DOI 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025811)
    3. Mau, Newton et Larget, « Bayesian Phylogenetic Inference via Markov Chain Monte Carlo Methods », Biometrics, vol. 55, no 1, , p. 1–12 (PMID 11318142, DOI 10.1111/j.0006-341x.1999.00001.x, JSTOR 2533889, S2CID 932887)
    4. Li, Pearl et Doss, « Phylogenetic Tree Construction Using Markov Chain Monte Carlo », Journal of the American Statistical Association, vol. 95, no 450, , p. 493–508 (DOI 10.1080/01621459.2000.10474227, JSTOR 2669394, S2CID 122459537, lire en ligne)
    5. Huelsenbeck et Ronquist, « MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees », Bioinformatics, vol. 17, no 8, , p. 754–755 (PMID 11524383, DOI 10.1093/bioinformatics/17.8.754)
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