Inférence bayésienne en phylogénie
L'inférence bayésienne de la phylogénie est la combinaison des informations dans l'a priori et dans la vraisemblance des données pour créer la soi-disant probabilité postérieure des arbres, qui est la probabilité que l'arbre soit correct compte tenu des données, de l'a priori et du modèle de vraisemblance. L'inférence bayésienne a été introduite dans la phylogénétique moléculaire dans les années 1990 par trois groupes indépendants : Bruce Rannala et Ziheng Yang à Berkeley[1] - [2], Bob Mau à Madison[3], et Shuying Li à l'Université de l'Iowa[4], les deux derniers étant doctorants à l'époque. L'approche est devenue très populaire depuis la sortie du logiciel MrBayes en 2001[5], et est maintenant l'une des méthodes les plus populaires en phylogénétique moléculaire.
Notes et références
Notes
Références
- (en) Rannala et Yang, « Probability distribution of molecular evolutionary trees: A new method of phylogenetic inference », Journal of Molecular Evolution, vol. 43, no 3, , p. 304–311 (PMID 8703097, DOI 10.1007/BF02338839, Bibcode 1996JMolE..43..304R, S2CID 8269826)
- (en) Yang et Rannala, « Bayesian phylogenetic inference using DNA sequences: a Markov Chain Monte Carlo Method », Molecular Biology and Evolution, vol. 14, no 7, , p. 717–724 (PMID 9214744, DOI 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025811)
- Mau, Newton et Larget, « Bayesian Phylogenetic Inference via Markov Chain Monte Carlo Methods », Biometrics, vol. 55, no 1, , p. 1–12 (PMID 11318142, DOI 10.1111/j.0006-341x.1999.00001.x, JSTOR 2533889, S2CID 932887)
- Li, Pearl et Doss, « Phylogenetic Tree Construction Using Markov Chain Monte Carlo », Journal of the American Statistical Association, vol. 95, no 450, , p. 493–508 (DOI 10.1080/01621459.2000.10474227, JSTOR 2669394, S2CID 122459537, lire en ligne)
- Huelsenbeck et Ronquist, « MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees », Bioinformatics, vol. 17, no 8, , p. 754–755 (PMID 11524383, DOI 10.1093/bioinformatics/17.8.754)