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Gène marqueur

Un gène marqueur est dans le domaine des biotechnologies un gène que l'on ajoute Ă  une construction gĂ©nĂ©tique (en gĂ©nĂ©ral plantes transgĂ©niques ou transplastomique) afin de mieux dĂ©tecter et sĂ©lectionner les « Ă©vènements de transformation gĂ©nĂ©tique Â»[1].

En 2004, plus d'une cinquantaine de gènes marqueurs étaient ou avaient été utilisés par les généticiens produisant des organismes génétiquement modifiés (OGM), généralement dans le contexte de la biotechnologie appliquée à l'agriculture, mais un petit nombre d'entre eux sont utilisés dans la plupart des cas[1].

Typologie des gènes marqueurs

Ces gènes marqueurs introduits dans une construction génétique appartiennent le plus souvent à l'un des deux types suivant[1] :

Gène dit « de sĂ©lection Â»

Les gènes marqueurs de sélection peuvent être divisés en plusieurs sous-catégories selon qu'ils confèrent une sélection positive ou négative, et selon que la sélection est conditionnelle ou non-conditionnelle à la présence de substrats externes[1].

  • Gènes de sĂ©lection positive : ce sont les gènes qui favorisent la croissance du tissu produit par la cellule dont le gĂ©nome a Ă©tĂ© gĂ©nĂ©tiquement modifiĂ©e. La dĂ©tection de ces gènes marqueurs Ă  sĂ©lection positive est subordonnĂ©e Ă  l'utilisation d'agents toxiques (antibiotiques, herbicides ou mĂ©dicaments). Ce sont les premiers gènes marqueurs Ă  avoir Ă©tĂ© utilisĂ©s par les biotechnologies.
    Ces gènes sont par exemple des gènes de résistance à un antibiotique comme les gènes nptI et nptII conférant une résistance à l'antibiotique kanamycine ; dans ce cas, toutes les cellules ayant acquis le transgène résisteront à l'antibiotique alors que les autres seront tuées.
    L'utilisation de gènes marqueurs de sĂ©lection positive de ce type prĂ©sentait le double « avantage Â» de permettre Ă  la fois le repĂ©rage et un tri rapide des cellules gĂ©nĂ©tiquement modifiĂ©es (les seuls Ă  survivre), par rapport Ă  celles n'ayant pas acquis le transgène. Mais de tels gènes marqueurs sont de moins en moins recommandĂ©s et moins utilisĂ©s car posant des problèmes de biosĂ©curitĂ© (en raison des risques de dissĂ©minations d'antibiorĂ©sistance qu'ils reprĂ©sentent).
    Plus récemment, on a utilisé des gènes de sélection positive qui ne s'expriment que conditionnellement, par exemple en présence d'agents non toxiques (substrats particulier de croissance ou induisant la croissance et la différenciation des tissus transformés).
    D'autres stratégies récentes incluent des gènes marqueurs de sélection positive qui ne sont pas conditionnés à des substrats extérieurs, mais qui modifient des processus physiologiques régissant le développement des plantes (champignons, bactéries, ou animaux le cas échéant).
  • Gènes de sĂ©lection nĂ©gative : Inversement, ces gènes marqueurs « nĂ©gativement sĂ©lectionnables Â» provoquent la mort des cellules ou organismes gĂ©nĂ©tiquement modifiĂ©s dans certaines conditions, contrĂ´lables et connues de l'expĂ©rimentateur.

Gène modifiant un « caractère Â» (biologique ou anatomique)

Ils doivent modifier un caractère assez significativement pour que ce changement soit repérable directement à l'œil nu, ou sous une lumière particulière (fluorescence).
Ainsi et par exemple des mutations du gène white modifient la couleur des yeux chez la drosophile.

Association d'un gène rapporteur

On peut aussi dans la construction gĂ©nĂ©tique Ă  insĂ©rer ajouter un gène-compagnon dit « gène rapporteur Â» au gène marqueur de sĂ©lection. Il ne donne aucun avantage sĂ©lectif Ă  la cellule modifiĂ©e, mais permet de dĂ©tecter ou surveiller des « Ă©vĂ©nements transgĂ©niques Â», et de trier (sĂ©parer manuellement) le "matĂ©riel" transgĂ©nique de celui qui n'a pas Ă©tĂ© gĂ©nĂ©tiquement transformĂ©.

L'activation du gène rapporteur peut également être conditionnée ou non-conditionnée à la présence d'un facteur externe (substrat en général)[1].. Certains gènes-rapporteurs peuvent parfois être utilisés comme gènes marqueurs[1]..

Il existe potentiellement un très grand nombre de gènes marqueurs susceptible d'être utilisés pour la transgenèse, mais seuls quelques-uns sont utilisés pour la recherche et la biotechnologie appliquée à l'agriculture[1]..
Pour la recherche, une diversité de systèmes de sélection est essentielle, car aucune des gènes marqueurs connus n'est jugé assez polyvalent pour être utilisé pour toutes les situations de recherche[1].

Les risques en termes de biosécurité sont encore discutés[2], mais des préoccupations sérieuses existent quant aux gènes blaTEM1 et aadA présents dans certains végétaux transgéniques cultivés et source de résistance aux antibiotiques [3] - [4] - [5] - [6] - [7]. Il y a maintenant un consensus sur le fait qu'il faut éviter d'utiliser des gènes marqueurs conférant une résistance à des antibiotiques à vocation thérapeutiques en médecine humaine ou vétérinaire ou à des biocides utiles pour le nettoyage ou la désinfection[1].

Notes et références

  1. Brian Miki, Sylvia McHugh, Review Selectable marker genes in transgenic plants: applications, alternatives and biosafety ; Journal of Biotechnology 107 (2004) 193–232, PDF, 40pp
  2. Neilsen, K.M., Bones, A.M., Smalla, K., van Elsas, J.D., 1998. Horizontal gene transfer from transgenic plants to terrestrial bacteria—a rare event? FEMS Microbiol. Rev. 22, 79–103.
  3. Bertolla, F., Simonet, P., 1999. Horizontal gene transfers in the environment: natural transformation as a putative process for gene transfers between transgenic plants and microorganisms. Res. Microbiol. 150, 375–384.
  4. Dröge, M., Pühler, A., Selbitschka, W., 1998. Horizontal gene transfer as a biosafety issue: A natural phenomenon of public concern. J. Biotechnol. 64, 75–90.
  5. Kurtland, C.G., Canback, B., Berg, O.G., 2003. Horizontal gene transfer: a critical view. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100, 9658–9662.
  6. Smalla, K., Borin, S., Heuer, H., Gebhard, F., van Elsas, J.D., Neilson, K., 2000. Horizontal transfer of antibiotic resistance genes from transgenic plants to bacteria. Are there new data to fuel the debate? In: Fairbairn, G., Scoles, G., McHughen, A. (Eds.), Proceedings of the 6th International Symposium on The Biosafety of Genetically Modified Organisms. pp. 146–154.
  7. Syvanen, M., 1999. In search of horizontal gene transfer. Nat. Biotechnol. 17, 833.

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