La saison 1999 du Championnat du Nigeria de football est la neuvième édition de la première division professionnelle à poule unique au Nigeria, la First Division League. Dix-huit clubs prennent part au championnat qui prend la forme d'une poule unique où toutes les équipes se rencontrent deux fois au cours de la saison. À la fin de cette première phase, les quatre premiers se disputent le titre au sein d'une poule finale. En fin de saison, les quatre derniers du classement sont relégués et remplacés par les quatre meilleurs clubs de Division II, la deuxième division nigériane.
Grande première dans la compétition puisque c'est un club promu de D2, Lobi Stars FC, qui remporte le championnat après avoir terminé en tête du classement final, à égalité de points mais une meilleure différence de buts que le club d'Iwuanyanwu Nationale et un point d'avance sur Plateau United. C'est le 1er titre de champion du Nigeria de l'histoire du club.
Le tenant du titre, Shooting Stars FC, rate complètement sa saison et termine à l'avant-dernier place du classement; le club doit donc descendre en deuxième division.