La saison 2008-2009 du Championnat du Gabon de football est la trente-troisième édition du championnat de première division gabonaise, le Championnat National. Il se déroule sous la forme d’une poule unique avec douze formations, qui s’affrontent à deux reprises, à domicile et à l’extérieur. En fin de saison, pour permettre le passage du championnat à 14 formations, les deux meilleures équipes de deuxième division sont promues.
C’est l'AS Stade Mandji qui est sacré cette saison après avoir terminé en tête du classement, avec quatre points d’avance sur un trio composé du SOGEA FC, de l'US Bitam et du tenant du titre, l'AS Mangasport. Il s’agit du tout premier titre de champion du Gabon de l’histoire du club.
Le , l'AS Mangasport reçoit une pénalité de sept points pour avoir aligné un joueur dont la nationalité gabonaise n'était pas avérée. Cette décision est révoquée en mai par la fédération mais la Ligue gabonaise de football entérine tout de même cette sanction, qui entraîne en fin de saison la perte du titre, aux dépens du Stade Mandji.