Peu après la fin de sa carrière, Aleksandar Nikačević devient directeur sportif. Il occupe cette fonction dans l'équipe continentale serbo-monténégrine Aerospace Engineering en 2005, puis chez Endeka en 2006. Il devient également sélectionneur de l'équipe nationale serbe espoirs.
En , il est arrêté par la police italienne dans le cadre de l'opération « Via Col Doping ». Le considérant comme la « plaque tournante » d'un trafic de produits dopants, le tribunal antidopage du Comité olympique national italien prononce une suspension de seize ans[1]. En 2015, cette suspension est ramenée à 4 mois, seule la revente de produits interdits étant finalement retenue contre lui[2].
